当司机在交通事故中被认定为全责且自身也受伤时，其赔偿问题确实相对复杂，但我们可以从以下几个方面来详细解析：
一、赔偿责任认定
首先，要明确的是，由于司机在事故中负全责，通常情况下，对方车辆或驾驶员无需对司机自身的伤害承担赔偿责任。不过，如果对方车辆投保了交强险，那么在交强险的无责赔偿限额内，司机可能会获得一定的有限赔偿。但总体来说，司机的主要赔偿来源还是依赖于自身所购买的保险。
二、保险赔偿途径
车上人员责任险/驾乘意外险：
- 如果司机购买了车上人员责任险或驾乘意外险，那么在事故发生后，可以根据保险合同的约定向保险公司申请理赔。
- 赔偿项目通常包括医疗费、残疾赔偿金（如果因伤致残）、误工费、护理费等。具体赔偿金额需要依据保险合同条款、实际损失以及保险公司的核定来确定。
工伤保险：
- 如果司机是在执行工作任务过程中受伤，并且符合工伤认定的条件，那么可以依法享受工伤保险待遇。
- 工伤保险赔偿包括医疗费用、康复费用、停工留薪期间的工资福利等。具体标准由当地的工伤保险法规规定，需要通过工伤认定程序来确定。
其他商业保险：
- 如果司机还购买了其他包含意外伤害保障的商业保险，如个人意外险、健康保险等，在符合合同约定的条件下，也可以向保险公司申请赔偿。
三、自行承担责任的情况
如果司机没有购买上述保险，或者保险赔偿金额不足以覆盖全部损失，那么司机需要自行承担剩余的费用。这些费用包括但不限于：
- 医疗费：根据医疗机构出具的收款凭证，结合病历和诊断证明来确定。
- 误工费：根据误工时间和收入状况来计算。有固定收入的按实际减少的收入计算；无固定收入的按最近三年平均收入或当地相同行业平均工资计算。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理期限来确定。可以参照误工费的规定或当地护工劳务报酬标准来计算。
- 交通费：根据实际发生的就医或转院治疗费用来计算，需要提供正式票据。
- 住院伙食补助费：参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准来确定。
- 营养费：根据伤残情况参照医疗机构的意见来确定。
- 残疾赔偿金：如果因伤致残，根据丧失劳动能力程度或伤残等级，按照城镇居民人均可支配收入标准来计算。
- 精神损害抚慰金：如果受害人或死者近亲属遭受了精神损害，可以依法请求赔偿。
四、处理建议
- 及时报警并寻求医疗救助：在事故发生后，首先要确保自身的安全和健康，及时报警并寻求医疗救助。
- 联系保险公司：了解具体的赔偿流程和所需材料，尽快启动赔偿程序。
- 咨询专业律师：为了更全面地了解自己的权益和可能的赔偿途径，建议咨询专业律师。
综上所述，当司机在交通事故中负全责且自身受伤时，应首先明确保险赔偿范围和条件，然后根据实际情况选择合适的赔偿途径。如果保险赔偿不足或未购买相关保险，则需要自行承担剩余费用。在处理过程中，务必保持冷静，遵循法律程序，确保自身权益得到充分保护。