在工程挂靠关系中，若主合同无效，所签订的补充协议一般也无效，但存在例外情况。以下是对这一问题的详细分析：

一、主合同无效导致补充协议无效的一般原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗。在工程挂靠关系中，如果主合同（即挂靠合同或工程承包合同）因违反法律、行政法规的强制性规定（如未取得相应资质、借用资质等）而被认定无效，那么基于该主合同所签订的补充协议，由于其从属性，通常也会被认定无效。这是因为补充协议是对主合同的补充或变更，其效力和内容均依赖于主合同的有效性。

二、例外情况：补充协议可能独立有效

尽管主合同无效通常会导致补充协议无效，但也存在例外情况。如果补充协议的内容独立于主合同，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该补充协议可能被认定有效。例如，如果补充协议仅涉及双方对工程款支付方式、时间等具体细节的约定，而这些约定并不依赖于主合同的有效性，且符合法律法规的规定，那么该补充协议可能具有法律效力。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：如果主合同和补充协议均被认定无效，那么双方应依据《民法典》中关于合同无效的规定，返还财产、折价补偿或赔偿损失。具体来说，如果因合同无效给对方造成损失的，有过错的一方应赔偿对方的损失；双方都有过错的，应各自承担相应的责任。

2. 建议：

   • 避免挂靠行为：工程挂靠行为不仅可能导致合同无效，还可能引发一系列法律纠纷和风险。因此，建议各方在参与工程建设时，应严格遵守法律法规，避免挂靠行为。
   • 审慎签订合同：在签订工程合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规，并明确双方的权利和义务。如果需要对合同进行补充或变更，应确保补充协议的内容独立于主合同（如可能），且不违反法律法规的规定。
   • 及时咨询专业律师：如果涉及工程挂靠关系或合同纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解法律风险和维权途径。

综上所述，工程挂靠关系中主合同无效时，所签订的补充协议一般也无效，但存在例外情况。在处理此类问题时，应综合考虑主合同和补充协议的内容、法律法规的规定以及双方的具体情况，以便做出合理的判断和决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。