针对储存的医疗器械没有及时清理超过使用期限的处罚问题，结论如下：

1. 行政处罚层面：

   • 根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，医疗器械使用单位若储存过期医疗器械，首先会面临药品监督管理部门的责令改正，并可能被给予警告。若拒不改正，将面临罚款，罚款金额根据情节严重程度，可能从5万元以上10万元以下不等。对于情节特别严重的情形，相关责任人员还可能面临5年内的从业禁止，即5年内不得从事医疗器械生产经营活动。
   • 具体来说，若过期医疗器械数量较少、未造成严重后果，且使用单位积极配合整改，处罚可能相对较轻，主要是警告和责令改正。但若过期医疗器械数量较多、已造成一定危害后果，或使用单位拒不整改，则处罚将更为严厉，包括高额罚款和可能的从业禁止。

2. 民事责任层面：

   • 若因储存过期医疗器械导致患者受到损害，医疗机构还需承担相应的民事赔偿责任。这包括赔偿患者因治疗产生的直接经济损失，如医疗费、误工费等，以及可能的精神损害赔偿。
   • 民事赔偿的具体金额将根据患者的实际损失、医疗机构的过错程度以及因果关系等因素综合确定。在司法实践中，法院会依据相关法律法规和司法解释，结合案件具体情况，进行公正合理的裁决。

3. 刑事责任层面：

   • 在极端情况下，若储存过期医疗器械的行为构成犯罪，如生产、销售不符合标准的医用器材罪，相关责任人员还可能面临刑事处罚。这通常涉及过期医疗器械被用于患者治疗，并导致严重后果的情形。
   • 刑事处罚的严厉程度将根据犯罪情节、危害后果以及犯罪嫌疑人的主观恶性等因素综合确定。可能包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚措施。

法律建议：

• 医疗机构应建立严格的医疗器械管理制度，定期对储存的医疗器械进行检查和清理，确保所有医疗器械均在使用期限内。
• 一旦发现过期医疗器械，应立即停止使用，并按照相关规定进行报废处理。同时，应积极配合药品监督管理部门的检查和整改要求，避免受到行政处罚。
• 若因过期医疗器械导致患者损害，医疗机构应主动承担民事赔偿责任，积极与患者协商解决纠纷，避免矛盾升级。
• 在极端情况下，若涉嫌犯罪，医疗机构和相关责任人员应积极配合司法机关的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。

可能面临的法律后果总结：

• 行政处罚：警告、责令改正、罚款、从业禁止等。
• 民事责任：赔偿患者经济损失和精神损害。
• 刑事责任：在构成犯罪的情况下，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚措施。

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