核心结论：若调解协议书中涉及离婚申请但最终当事人不离婚，协议需明确撤销或变更原离婚条款，并重新约定双方权利义务。以下是具体撰写要点及示例：

1. 明确协议变更或撤销条款

在调解协议书中，需增加条款说明双方自愿撤销原离婚申请，并确认原协议中关于离婚的条款不再生效。例如：

“双方经协商一致，决定撤销本协议中关于解除婚姻关系的条款，原协议第X条（涉及离婚的条款）自本补充协议生效之日起失效。”

2. 重新约定双方权利义务

若原协议涉及财产分割、子女抚养等与离婚相关的内容，需根据不离婚的实际情况重新约定。例如：

• 财产部分：若原协议约定财产分割，可改为“双方确认，原协议中关于财产分割的条款仅在双方未来实际离婚时生效，现阶段财产仍按共同共有处理”。
• 子女抚养部分：若原协议涉及子女抚养权，可改为“双方同意，子女由双方共同抚养，具体抚养方式由双方另行协商”。

3. 增加生效条件或期限

可约定协议的生效条件或期限，例如：

“本补充协议自双方签字之日起生效，有效期至双方另行协商一致或实际办理离婚登记之日止。”

4. 示例条款

以下是一个完整的调解协议书补充条款示例：

“甲方（姓名）与乙方（姓名）于XXXX年XX月XX日签订《调解协议书》，现因双方决定不解除婚姻关系，经协商一致，达成如下补充协议：

1. 双方自愿撤销原协议第X条（涉及离婚的条款），原协议中关于解除婚姻关系的约定不再生效。

2. 原协议中关于财产分割的条款（第X条）仅在双方未来实际离婚时生效，现阶段财产仍按共同共有处理。

3. 双方同意，子女由双方共同抚养，具体抚养方式由双方另行协商。

4. 本补充协议自双方签字之日起生效，与原协议具有同等法律效力。”

5. 注意事项

• 双方签字确认：补充协议需由双方签字并按手印，确保法律效力。
• 公证或备案：若涉及重大财产或子女问题，建议对补充协议进行公证或向相关部门备案。
• 法律咨询：撰写过程中如有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业建议。

总结：调解协议书中涉及离婚申请但最终不离婚的，需通过补充协议明确撤销或变更原条款，并重新约定双方权利义务。如有具体问题，欢迎随时向我咨询。