跟公司签订的车辆所有权确认协议，在符合法律规定的情况下，是具有法律效应的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议的法律基础
车辆所有权确认协议，本质上是一种民事合同，其法律效力来源于《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定。根据《民法典》的相关条款，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，只要车辆所有权确认协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就是有效的，对双方都具有法律约束力。
二、协议的有效要件
主体合格：签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力。对于公司而言，需要确保其具有合法的经营资格和签订合同的能力；对于个人而言，需要确保其具有完全的民事行为能力。
意思表示真实：协议的内容必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果一方在签订协议时存在误解或者被误导，那么该协议可能因意思表示不真实而无效。
内容合法：协议的内容必须符合法律、行政法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不得约定非法转让车辆所有权、逃避税收等违法内容。
形式合法：虽然车辆所有权确认协议通常不需要采用特定的形式，但是为了确保协议的证据效力，建议采用书面形式，并由双方签字或者盖章确认。
三、协议的法律后果
确认所有权：如果协议有效，那么它将成为确认车辆所有权的重要依据。在协议约定的条件下，车辆的所有权将按照协议的约定进行转移或者确认。
约束双方行为：协议对双方都具有法律约束力，双方必须按照协议的约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，那么另一方有权要求其承担违约责任。
作为证据使用：在发生纠纷时，车辆所有权确认协议可以作为重要的证据使用。法院或者仲裁机构在审理案件时，将依据协议的内容来判断双方的权利义务关系。
四、注意事项
审查协议内容：在签订协议前，务必仔细审查协议的内容，确保其符合自己的意愿和法律规定。如果对协议内容存在疑问或者不确定的地方，建议咨询专业律师的意见。
保留相关证据：在签订协议后，务必保留好与协议相关的所有证据，如付款凭证、车辆登记证书等。这些证据将在发生纠纷时起到重要的证明作用。
及时办理过户手续：如果协议中约定了车辆所有权的转移，那么双方应及时办理车辆过户手续。未办理过户手续的，虽然不影响协议的效力，但是可能给双方带来不必要的法律风险和麻烦。
建议您：在签订车辆所有权确认协议时，务必确保协议内容合法、有效，并保留好相关证据。如果有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。