三方协议中，若对各方权利义务有不同约定，诉讼时效并不因此而不同，诉讼时效的适用主要取决于具体的请求权类型和法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
诉讼时效，是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的法律制度。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，法律另有规定的，依照其规定。这一规定是普遍适用的，不因合同类型或合同中各方权利义务的不同约定而有所改变。
二、三方协议中诉讼时效的适用
请求权类型决定诉讼时效：
- 在三方协议中，各方可能享有不同的请求权，如履行请求权、损害赔偿请求权等。这些请求权的诉讼时效可能因请求权类型的不同而有所差异。例如，履行请求权的诉讼时效可能从合同履行期限届满之日起计算，而损害赔偿请求权的诉讼时效则可能从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
合同约定不影响诉讼时效：
- 三方协议中各方对权利义务的不同约定，并不改变诉讼时效的基本规定。即使协议中各方约定的权利义务内容、履行期限、违约责任等有所不同，这些约定也不影响诉讼时效的适用。诉讼时效的适用仍然遵循法律规定，不受合同约定的影响。
特殊情况下的诉讼时效：
- 在某些特殊情况下，如涉及国际货物买卖合同、技术进出口合同等，诉讼时效可能适用不同的规定。但这些特殊情况并不适用于一般的三方协议。对于一般的三方协议，仍然适用《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的基本规定。
三、实际操作中的建议
明确请求权类型：
- 在涉及三方协议的纠纷中，各方应首先明确自己的请求权类型，以便确定适用的诉讼时效期间。
及时行使权利：
- 无论三方协议中各方对权利义务有何不同约定，各方都应在诉讼时效期间内及时行使自己的权利，以免丧失法律保护。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂的三方协议纠纷时，建议各方咨询专业律师，以便更准确地理解诉讼时效的适用和行使权利的方式。
若你在三方协议或其他合同纠纷中遇到诉讼时效相关的问题，或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据你的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。