在处理二级精神残疾人士离婚且其监护人与对方达成离婚协议的情况下，法院的处理方式会依据当事人的民事行为能力以及案件的具体情况来决定是出具调解书还是判决书。以下是对此问题的详细解答：

首先，需要明确的是，精神残疾并不等同于无民事行为能力或限制民事行为能力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不能辨认自己行为的成年人为无民事行为能力人，不能完全辨认自己行为的成年人为限制民事行为能力人。对于精神残疾人士，如果其精神状况稳定，能够理解离婚行为的法律意义，并清晰表达离婚意愿，那么他们可能被认定为具有完全民事行为能力或限制民事行为能力但能够独立表达意愿。

1. 如果当事人被认定为具有完全民事行为能力：

   • 在这种情况下，当事人可以独立参与民事诉讼，包括离婚诉讼。
   • 如果其监护人与对方达成了离婚协议，并且这一协议是双方真实意愿的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么法院在审查确认后，可以出具调解书，确认双方离婚及协议内容。

2. 如果当事人被认定为无民事行为能力人或限制民事行为能力人：

   • 在这种情况下，当事人不能独立参与民事诉讼，需要由其监护人作为法定代理人参与诉讼。
   • 如果监护人与对方达成了离婚协议，并且这一协议符合无民事行为能力人或限制民事行为能力人的利益，且不违反法律法规的强制性规定，法院在审查确认后，同样可以出具调解书。但在此过程中，法院会特别关注协议是否真正反映了无民事行为能力人或限制民事行为能力人的意愿和利益。
   • 如果在诉讼过程中，双方无法就离婚协议达成一致，或者法院认为协议内容存在损害无民事行为能力人或限制民事行为能力人利益的情况，那么法院可能会依法作出判决书，对离婚及财产分割、子女抚养等问题进行裁决。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如当事人虽然持有精神残疾证，但精神状况稳定，且双方均同意离婚并达成了协议，法院可能会根据案件的具体情况，简化程序，快速出具调解书。
   • 如果当事人或其监护人对民事行为能力有争议，法院可能会要求进行民事行为能力鉴定，以确定当事人的民事行为能力状态，并据此决定诉讼程序和判决方式。

总结：在二级精神残疾人士离婚且其监护人与对方达成离婚协议的情况下，法院会根据当事人的民事行为能力状态以及案件的具体情况来决定是出具调解书还是判决书。如果当事人具有完全民事行为能力或限制民事行为能力但能够独立表达意愿，且协议内容合法合规，法院通常会出具调解书；如果当事人无民事行为能力或限制民事行为能力且协议内容存在争议或损害其利益，法院可能会依法作出判决书。在任何情况下，法院都会确保当事人的合法权益得到充分保护。