违规发放的计生奖扶资金追回后，应依法依规进行如下处理：

1. 上缴国库或返还专项账户
   追回的资金属于公共财政资金，需根据资金性质上缴至国库，或返还至原专项资金账户（如计生奖扶专项基金），确保资金回归公共财政体系，避免二次违规使用。

2. 启动责任追究程序

   • 行政责任：对违规发放的直接责任人（如经办人员、审批领导）依规给予行政处分（警告、记过、降级等），若涉及玩忽职守或滥用职权，可能移送监察机关处理。
     
   • 刑事责任：若违规行为构成贪污、挪用公款等犯罪，需移送司法机关追究刑事责任，例如《刑法》第382条（贪污罪）、第384条（挪用公款罪）。
     
   • 纪律处分：对公职人员，依据《公职人员政务处分法》给予相应处分。

3. 完善制度与监督机制

   • 整改措施：要求发放单位修订计生奖扶资金管理办法，明确发放标准、审批流程及监督责任。
     
   • 加强审计：定期对资金使用情况进行审计，确保发放对象、金额符合政策要求。
     
   • 公开透明：通过政府网站等渠道公示发放名单及金额，接受社会监督。

4. 对受影响群体的处理

   • 合法领取者：若追回资金涉及误发（如系统错误导致多发），应核实后补发或说明情况，避免损害群众权益。
     
   • 违规领取者：除追回资金外，可依法要求其支付滞纳金或罚款，若涉及欺诈行为，可追究其民事或刑事责任。

若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体处理流程或法律风险，我将结合案例与法规为您详细分析。