从工程款里直接扣取居间费是否合法，不能一概而论，关键在于是否满足一系列法律条件。以下从多个角度为您详细分析：
一、居间合同的合法性
合同签订：首先，必须存在一个合法有效的居间合同。根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条，中介合同（即居间合同）是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。这意味着，居间合同必须明确双方的权利和义务，包括居间服务的内容、费用标准、支付方式等。
合同内容：居间合同的内容必须合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。例如，合同中不得约定通过行贿、提供虚假信息等不正当手段促成工程交易，否则整个居间合同可能被认定无效。
二、居间行为的合法性
如实报告：根据《中华人民共和国民法典》第九百六十二条，中介人应当就有关订立合同的事项向委托人如实报告。如果居间人故意隐瞒与订立合同有关的重要事实或者提供虚假情况，损害委托人利益的，不仅不得请求支付报酬，还应当承担赔偿责任。
合法媒介：居间人必须积极履行媒介服务职责，协助委托人成功订立合同，且这一过程中不得违反法律法规，不得损害第三方合法权益。
三、工程合同的合法性
工程合法性：居间人促成的工程合同必须合法有效，即工程必须符合国家的产业政策、投资规划和建设要求，无违法违规建设情况。
合同签订程序：如果工程合同是通过招投标等方式订立的，必须遵循法定程序和要求，确保合同的合法性和有效性。
四、居间费收取的合法性与合理性
按照合同约定收取：如果居间合同中明确约定了居间费的支付方式和时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么从工程款中直接扣取居间费在合同层面是合法的。但前提是，这种扣取方式必须得到工程款支付方的明确同意，并且双方在合同中有明确的约定。
金额合理性：居间费的金额应当合理，不应严重偏离市场正常水平。过高的居间费可能被视为显失公平或存在其他不合理情形，法院在审理相关纠纷时可能会根据实际情况进行调整。一般来说，工程居间费的比例在1% - 5%之间较为常见，但具体比例应根据项目的实际情况和市场条件进行协商确定。
税务合规：居间人应遵守相关税收规定，按时申报和缴纳税款。如果从工程款中直接扣取居间费，居间人需要确保这一行为符合税务法规的要求，避免出现税务问题。
五、实际操作中的建议
明确约定：在签订居间合同时，双方应详细约定居间费的比例、支付方式、支付时间等关键条款，并明确是否可以从工程款中直接扣取。这有助于避免后续纠纷的发生。
合法合规：居间人必须确保自己的居间行为合法合规，不得通过不正当手段促成工程交易。否则，不仅可能无法获得居间费，还可能面临法律责任。
税务筹划：居间人应提前进行税务筹划，确保从工程款中扣取居间费的行为符合税务法规的要求。如果可能的话，可以咨询专业的税务顾问或律师以获取更具体的建议。
综上所述，从工程款里直接扣取居间费是否合法取决于多个因素，包括居间合同的合法性、居间行为的合法性、工程合同的合法性以及居间费收取的合法性与合理性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。