公司有经济纠纷时，法院冻结其全部账户是否合法，需分情况讨论：

1. 合法情形：

   • 符合法定条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院在处理经济纠纷时，若认为有必要保全被告的财产以确保将来判决的执行，可以依法作出财产保全裁定。这包括冻结被告的银行账户。在此情况下，若法院冻结公司全部账户是基于合理的财产保全需要，且冻结的金额未超过争议标的额或与案件相关的财产范围，那么这一行为是合法的。
   • 程序合规：法院在作出冻结决定前，通常会要求申请人提供相应的担保，并经过严格的审查程序。若法院在冻结过程中遵循了法定程序，如送达了冻结通知书、告知了冻结原因及期限等，那么冻结行为也是合法的。

2. 可能不合法情形：

   • 超范围冻结：如果法院冻结的公司账户金额明显超过了争议标的额，或者冻结了与案件无关的账户，那么这一行为可能构成超范围冻结，从而违反法律规定。在此情况下，公司有权向法院提出异议，要求解除超范围冻结的部分。
   • 程序违法：若法院在冻结过程中未遵循法定程序，如未送达冻结通知书、未告知冻结原因及期限等，那么冻结行为可能因程序违法而无效。公司同样有权向法院提出异议，并要求纠正违法行为。

法律建议：

• 核实冻结依据：公司应首先核实法院冻结其账户的法律依据和程序是否合规。这包括查阅法院送达的冻结通知书、了解冻结原因及期限等。
• 提出异议：若公司认为法院的冻结行为存在超范围或程序违法的情况，应及时向法院提出书面异议，并附上相关证据材料。法院在收到异议后，会进行审查并作出相应处理。
• 寻求法律援助：在处理此类纠纷时，公司可以寻求专业律师的法律援助。律师可以帮助公司分析案情、制定应对策略，并代表公司参与诉讼活动。

可能法律后果：

• 若法院的冻结行为合法且合规，公司需配合执行，并等待案件审理结果。若案件最终判决公司承担责任，公司需按照判决履行义务。
• 若法院的冻结行为存在违法或违规情况，公司有权要求解除冻结并追究相关责任人的法律责任。同时，公司也可能因此获得一定的经济赔偿。

综上所述，公司有经济纠纷时法院冻结其全部账户是否合法，需根据具体情况进行判断。若公司对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。