单位资金打入个人账户违反财经管理制度的，首先需明确这是违规行为，可能面临行政处罚、民事责任甚至刑事责任，具体处理方式需根据实际情况判断。以下是详细分析：

1. 行政责任层面
   根据《财政违法行为处罚处分条例》等规定，单位将资金违规转入个人账户，可能被财政部门责令改正，调整有关会计账目，追回有关财政资金。对单位可处警告或罚款（如违法金额10%以下），对直接负责的主管人员和其他直接责任人员可处2000元以上2万元以下罚款。
   例如：某公司通过个人账户收取货款未入账，被税务机关查处后，除补缴税款外，还被处以罚款，财务负责人也被罚款。

2. 民事责任层面
   若单位资金被个人侵占或挪用，单位可要求个人返还资金及孳息。若个人无法返还，可能承担赔偿责任。
   例如：员工利用职务便利将单位资金转入自己账户用于个人消费，单位起诉后，法院判决员工返还全部资金及利息。

3. 刑事责任层面
   若行为构成犯罪（如挪用资金罪、职务侵占罪等），将依法追究刑事责任。

   • 挪用资金罪：单位工作人员利用职务便利，挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过3个月未还，或虽未超过3个月但数额较大、进行营利活动/非法活动的，处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的，处3-7年有期徒刑。
     
   • 职务侵占罪：公司、企业或其他单位人员，利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处5年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的，处5年以上有期徒刑，可并处没收财产。
     例如：某公司出纳私自将100万元公款转入个人账户用于赌博，被法院以挪用资金罪判处有期徒刑2年。

建议处理步骤：

1. 立即整改：单位应停止违规行为，将资金退回单位账户，调整会计账目。
   
2. 内部调查：查明资金流向、责任人员，评估损失。
   
3. 主动报告：向财政、税务等部门报告情况，配合调查，争取从轻处理。
   
4. 法律追责：若涉及个人违法，单位可向公安机关报案，或通过民事诉讼追偿。
   

预防措施：

• 完善内控制度，明确资金支付流程，严禁公款私存。
  
• 定期审计，及时发现并纠正违规行为。
  
• 加强员工法律培训，提高合规意识。
  

如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。