结论：工程款超过三年在第八年对方同意付一部分的协议，在一般情况下是有效的，但具体还需结合协议内容、双方行为及法律规定来判断。
协议有效性的法律基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，双方就工程款支付达成的新协议，只要内容合法、意思表示真实，即具有法律效力。
诉讼时效与债务履行：虽然工程款的支付可能涉及诉讼时效的问题，但诉讼时效的经过并不直接导致债务的消灭，而是使债务人获得诉讼时效抗辩权。如果债务人（即对方）在诉讼时效期间届满后，仍然同意履行部分债务，这可以视为债务人对原债务的重新确认，或者是对新债务的承担。在这种情况下，双方达成的关于支付部分工程款的协议，是有效的。
协议有效性的具体分析
协议内容：协议应明确约定支付的具体金额、支付方式、支付时间等关键条款。如果协议内容清晰、明确，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议就是有效的。
双方行为：双方应基于平等、自愿的原则签订协议，且没有欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了协议，那么该协议可能因存在欺诈、胁迫等情形而被撤销。
法律规定：除了上述合同自由原则和诉讼时效的相关规定外，还需要考虑其他可能影响协议效力的法律规定。例如，如果工程款的支付涉及建设工程合同的履行、工程质量的验收等特殊规定，那么这些规定也可能对协议的效力产生影响。但在此情况下，主要关注的是双方就工程款支付达成的新协议，而非原建设工程合同的履行情况。
可能的法律后果
协议履行：如果协议有效，双方应按照协议约定履行各自的义务。如果一方未按照协议约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。
协议变更或撤销：如果协议存在可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），或者双方协商一致需要变更协议内容，那么双方可以签订补充协议或者重新签订协议来变更或撤销原协议。
建议
审查协议内容：在签订协议前，务必仔细审查协议内容，确保协议条款清晰、明确，且没有违反法律、行政法规的强制性规定。
保留证据：在签订和履行协议过程中，务必保留好相关证据（如协议文本、支付凭证、沟通记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
咨询专业律师：如果对协议的效力或者履行过程中可能遇到的法律问题存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。
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