结论前置：在刑事案件中，若律师费用是三个阶段打包一起付的，但案件只进行到第二个阶段，后续费用能否退还，这主要取决于双方签订的委托合同中的具体约定。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定：
- 如果双方在委托合同中明确约定了，在案件未进行到第三阶段时，后续费用应如何处理（如全额退还、部分退还或不予退还等），那么应当按照合同约定来执行。这是基于《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定，即合同一旦成立并生效，对双方均具有法律约束力，双方应当按照合同约定履行各自的义务。
合同无明确约定：
- 如果双方在委托合同中没有明确约定案件未进行到第三阶段时后续费用的处理方式，那么根据公平原则和诚实信用原则，律师在已经提供了前两个阶段的服务后，有权收取相应的费用。对于后续未提供的服务部分，律师应当退还相应的费用，但具体退还金额和方式可能需要双方协商确定。
- 在此情况下，如果双方无法就退还费用达成一致，可能会引发纠纷。此时，双方可以寻求第三方调解或通过法律途径解决争议。如果通过法律途径解决，法院或仲裁机构会根据案件的具体情况、双方的过错程度以及公平原则等因素来裁决后续费用的退还问题。
实际操作建议：
- 为了避免类似纠纷的发生，建议在签订委托合同时，双方应当明确约定各个阶段的服务内容、费用以及退费条款等。这样，在案件进行过程中，如果发生任何变更或意外情况，双方都可以依据合同约定来处理相关费用问题。
- 如果已经签订了没有明确退费条款的委托合同，且案件只进行到第二个阶段就结束了，那么建议双方首先进行友好协商，尝试达成一个双方都能接受的退费方案。如果协商不成，再考虑通过法律途径解决争议。
总结与提醒：在刑事案件中，律师费用的退还问题主要取决于双方签订的委托合同中的具体约定。因此，在签订合同时，双方应当尽可能明确各项条款，以避免后续纠纷的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。