违约支付的工程款及利息，在开具发票时需根据款项性质分别处理，具体如下：

1. 工程款部分：

   • 性质认定：违约支付的工程款，本质上仍属于工程价款的范畴，只是支付时间或条件上存在违约情形。
   • 开票要求：根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，对于违约支付的工程款，收款方（即施工单位或供应商）仍应按照实际收取的工程款金额，向付款方（即建设单位或采购方）开具合法有效的增值税发票。
   • 税率适用：发票的税率应依据工程款的具体性质（如建筑服务、货物销售等）及税法规定来确定，通常可能涉及增值税的税率或征收率。

2. 利息部分：

   • 性质认定：违约支付的利息，属于因违约行为而产生的赔偿性收入，其性质与工程款不同。
   • 开票要求：对于利息部分，收款方同样需要向付款方开具发票。但需要注意的是，利息收入可能涉及不同的税目和税率。一般来说，如果利息收入被视为金融服务的一部分（如贷款服务），则可能适用增值税的金融服务税率；如果利息是因延迟付款等违约行为而产生的赔偿，且未明确被归类为金融服务，则可能需要根据具体情况判断其税目和税率。在实际操作中，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以确定准确的税目和税率。
   • 特殊情况：在某些特定情况下，如双方约定利息不作为价外费用处理，或者利息收入符合税法规定的免税条件等，可能不需要开具发票或可以享受免税政策。但这些情况需要具体分析并符合相关税法规定。

建议与注意事项：

• 在开具发票时，务必确保发票内容真实、准确、完整，与实际交易情况相符。
• 对于违约支付的工程款及利息，建议双方在合同中明确约定款项性质、支付方式、开票要求等条款，以避免后续争议。
• 如果对税目、税率或开票要求存在疑问，建议及时咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规操作。