通过不正当关系进入编制属于违法行为，一旦被发现，将面临严肃的处理，包括但不限于解除聘用关系、行政处分，甚至可能承担刑事责任。具体处理方式需根据实际情况及法律规定综合判断，以下从不同角度展开分析：

1. 对违规进入编制者的处理

• 解除聘用关系：根据《事业单位人事管理条例》及相关规定，通过不正当手段（如行贿、伪造材料等）进入事业单位编制的，一经查实，用人单位有权解除与其签订的聘用合同，终止劳动关系。
• 行政处分：若违规行为涉及公职人员（如参与操作的内部人员），根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》，可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。
• 刑事责任：若行为构成犯罪（如行贿罪、受贿罪、滥用职权罪等），将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。

2. 对参与违规操作人员的处理

• 内部纪律处分：若涉及单位内部人员（如领导、人事部门工作人员）协助违规操作，单位可依据内部规章制度给予纪律处分，如警告、降职、开除等。
• 法律责任：若参与人员构成共同犯罪（如共同行贿、受贿），将依法追究刑事责任。

3. 对用人单位的监管责任

• 行政责任：若用人单位在招聘过程中存在管理漏洞或故意纵容违规行为，可能面临上级主管部门的行政处罚，如通报批评、限期整改等。
• 民事赔偿：若违规行为导致他人合法权益受损（如合法应聘者未被录用），用人单位可能需承担民事赔偿责任。

4. 对社会的警示意义

• 诚信体系影响：违规进入编制的行为将被记录在个人信用档案中，影响未来就业、贷款等社会活动。
• 社会公平破坏：此类行为严重破坏就业公平，损害社会公共利益，可能引发公众对招聘制度公信力的质疑。

5. 法律建议

• 主动坦白：若已通过不正当关系进入编制，建议主动向单位或纪检监察机关坦白，争取从轻处理。
• 配合调查：在调查过程中，应如实陈述事实，不得隐瞒或伪造证据。
• 法律救济：若认为处理决定不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需注意，违规行为本身不受法律保护。

总结：通过不正当关系进入编制的行为严重违反法律法规和职业道德，一旦被发现，将面临严厉的法律后果。建议遵守招聘规则，通过合法途径争取就业机会。如有具体法律问题，可直接向我咨询。