针对公司未盖章的三方协议在快递时丢失的问题，以下是我的分析和建议：

1. 协议效力问题：

   • 未盖章的协议效力：根据《民法典》的相关规定，合同自当事人均签名、盖章或者按指印时成立。若公司未在三方协议上盖章，该协议在法律上尚未成立，因此丢失并不会直接导致公司承担法律责任。但需注意，若公司已实际履行了协议中的部分或全部义务，可能被视为以实际行动认可了协议内容，此时协议可能被认定为有效。
   • 建议：公司应尽快确认是否已实际履行协议义务，并评估是否需要重新签订或确认协议。若决定重新签订，应确保所有相关方均签字盖章，以避免未来可能出现的纠纷。

2. 快递丢失的责任：

   • 快递公司的责任：若协议在快递过程中丢失，且丢失原因可归责于快递公司（如未妥善保管、遗失等），则快递公司可能需承担一定的赔偿责任。但需注意，赔偿范围通常限于快递费用的数倍，而非协议内容的价值。
   • 建议：公司应立即与快递公司联系，了解丢失原因，并要求快递公司出具书面证明。同时，可考虑与快递公司协商赔偿事宜，或依据快递服务合同中的相关条款寻求法律救济。

3. 后续行动建议：

   • 重新签订协议：为确保协议的法律效力，公司应尽快与相关方重新签订三方协议，并确保所有签字盖章手续完备。
   • 保留证据：在重新签订协议前，公司应保留与丢失协议相关的所有证据，包括但不限于快递单号、快递公司出具的丢失证明、与相关方的沟通记录等。这些证据在未来可能出现的纠纷中可能起到关键作用。
   • 风险评估：公司应评估丢失协议可能带来的风险，包括但不限于合同无法履行、违约责任承担等。根据评估结果，公司可考虑采取相应的风险防范措施，如与相关方协商补充协议、增加担保条款等。

4. 法律后果预防：

   • 完善内部管理：公司应加强内部管理，确保重要文件的传递和保管符合规范。例如，可建立专门的文件传递和保管制度，明确责任人和操作流程。
   • 加强法律意识：公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。例如，可定期组织法律知识培训，让员工了解合同签订、履行和纠纷解决等方面的法律知识。

总结来说，公司未盖章的三方协议在快递时丢失，虽然协议本身尚未成立，但公司仍需关注可能带来的法律后果和风险。建议公司尽快与相关方重新签订协议，并加强内部管理和法律意识，以预防未来可能出现的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。