被告在已被查封的土地上建造房屋，属于违法行为，可能面临强制拆除、罚款等法律后果，同时原告可申请对新增建筑物进行保全或要求赔偿。以下是具体分析：

1. 查封土地的法律效力

• 法院查封土地后，被告对该土地的处分权（如转让、抵押、建设）受到严格限制。根据《民事诉讼法》第111条，擅自处置查封财产可能构成“拒不履行人民法院已经发生法律效力的判决、裁定”，法院可对被告采取罚款、拘留等措施，情节严重的可能追究刑事责任。
• 关键点：查封效力及于土地及其附着物，被告在查封期间新建的房屋属于违法建筑，不受法律保护。

2. 新建房屋的处理方式

• （1）法院可强制拆除
  原告或法院可要求被告自行拆除新建房屋，恢复土地原状。若被告拒绝，法院可委托第三方强制拆除，费用由被告承担。
• （2）纳入查封范围
  原告可申请法院对新建房屋进行补充查封，后续通过拍卖、变卖等方式实现债权。但需注意，若房屋无合法产权，拍卖可能受限。
• （3）要求赔偿损失
  若新建房屋导致土地价值减损或原告其他损失，原告可主张被告赔偿。例如，房屋建设成本可能被认定为被告的非法所得，需返还原告。

3. 被告的抗辩与风险

• 被告可能主张“不知情”或“查封未公示”，但法院查封通常需送达文书并公告，被告难以免责。
• 若房屋已办理规划、施工许可等手续，被告可能试图通过行政诉讼撤销许可，但查封期间取得的许可可能被认定无效。

4. 实务建议

• 对原告：
  
  1. 立即向法院提交《补充查封申请书》，明确要求查封新建房屋；
     
  2. 同步起诉被告“擅自处置查封财产”，要求赔偿损失；
     
  3. 关注房屋建设进度，若可能影响土地价值，申请先予执行。
• 对被告：
  
  1. 立即停止建设，与原告协商解除查封或提供担保；
     
  2. 若房屋已建成，可主张“善意取得”或“合理信赖”，但需提供充分证据；
     
  3. 咨询律师评估刑事风险，避免因拒不执行判决被追责。

提示：此类案件涉及执行程序与物权法的交叉，建议双方委托律师介入，通过证据固定、价值评估等程序维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作方案。