针对您提出的“两个法院分别查封房产和土地如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律执行程序和“房地一体”原则的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和司法实践，为您提供的详细解答：
一、法律依据与原则
《民法典》第三百九十七条（原《物权法》第一百八十二条）：
- 该条款明确规定了“房随地走、地随房走”的原则，即以建筑物抵押的，该建筑物占用范围内的建设用地使用权一并抵押；以建设用地使用权抵押的，该土地上的建筑物一并抵押。
《查封、扣押、冻结财产的规定》第二十一条：
- 查封地上建筑物的效力及于该地上建筑物使用范围内的土地使用权，查封土地使用权的效力及于地上建筑物，但土地使用权与地上建筑物的所有权分属被执行人与他人的除外。
二、处理原则与步骤
遵循“房地一体”原则：
- 在对属于同一权利人名下的地上建筑物与使用范围内的土地使用权进行控制、处置时，必须将地上建筑物与使用范围内的建设用地使用权一体处置，以避免房地分离导致的权利冲突。
确定首封法院与轮候查封：
- 如果整宗土地由某一法院首先查封，那么该法院的首封效力应当及于土地上的所有建筑物。其他法院对建筑物进行的查封，原则上应视为轮候查封。
查封登记与效力对抗：
- 对于需登记的财产，查封、扣押、冻结的效力顺位以登记顺序为标准。但在此类房地分别查封的情况下，即使后续法院对建筑物单独办理了查封登记，也不能对抗首封土地法院的查封效力。
协调配合与整体处置：
- 在处理此类案件时，各执行法院之间应加强协调配合，避免出现因执行行为导致的房地分离状况。同时，应与土地管理、规划部门协商并征求其意见，确保整体处置的合法性和合理性。
三、具体案例分析
以您提供的案例为例，如果江汉法院首先查封了整宗土地，那么其查封效力应当及于土地上的所有建筑物。深圳中院虽然对建筑物单独办理了查封登记，但原则上仍应视为轮候查封，不具有独立的处置权。如果深圳中院未经与江汉法院协调配合，即对建筑物进行处置，并实质上处置了建筑物对应的土地使用权，那么该行为将违背“房地一体”原则，损害首查封案件中申请人的权益。
四、建议与结论
建议：
- 在遇到此类房地分别查封的情况时，建议各执行法院之间加强沟通协调，遵循“房地一体”原则进行整体处置。
- 同时，应与土地管理、规划部门保持密切联系，确保处置行为的合法性和合理性。
结论：
- 两个法院分别查封房产和土地时，应遵循“房地一体”原则进行整体处置。首封法院对土地和建筑物的查封效力具有优先性，后续查封法院应视为轮候查封，不具有独立的处置权。各执行法院之间应加强协调配合，避免出现因执行行为导致的房地分离状况。