结论：盈新发展废止制度及章程修订需经特定程序，包括董事会审议、股东会审议及工商变更登记等环节。以下结合新闻背景，从法律程序、具体操作及风险提示三个维度展开分析。
一、法律程序维度：废止制度与章程修订的法定要求
根据《公司法》及公司治理规则，公司章程修订及制度废止需履行以下程序：
- 董事会审议：董事会作为公司决策机构，需对章程修订及制度废止议案进行初步审议。新闻背景中，盈新发展董事会已以9票赞成通过相关议案，符合《公司法》第46条关于董事会职权的规定。
- 股东会审议：章程修订及重大制度变更需提交股东会表决。根据《公司法》第37条，股东会行使修改公司章程等职权。新闻中明确提到，章程修订及部分管理制度修订议案需提交2025年第三次临时股东会审议，表决通过后方可生效。
- 工商变更登记：章程修订完成后，需向市场监管部门申请工商变更登记（《公司法》第12条）。新闻中董事会已提请股东会授权经营管理层办理相关手续，此步骤为法定要件。
例外情形：若废止的制度属于公司内部管理规范（如《独立董事年度报告工作制度》），且未涉及股东权利或公司治理结构调整，可能仅需董事会审议通过。但新闻中废止的《累积投票实施细则》涉及股东会议事规则，仍需股东会审议。
二、具体操作维度：盈新发展案例的合规性分析
结合新闻背景，盈新发展的操作流程符合法律要求：
- 章程修订：拟废止监事会并由审计委员会行使职权，属于公司治理结构重大变更，必须经股东会特别决议通过（《公司法》第43条，需代表三分之二以上表决权的股东通过）。
- 制度废止：
- 《独立董事年度报告工作制度》因内容合并至其他制度而废止，属于内部管理优化，但需通过股东会审议（因涉及独立董事职责调整）。
- 《累积投票实施细则》废止后内容并入《股东会议事规则》，涉及股东投票权行使方式变更，必须经股东会表决。
- 临时股东会召开：新闻中明确会议时间、地点及股权登记日，符合《公司法》第102条关于临时股东会召集程序的规定。
三、风险提示维度：未履行程序的法律后果
若盈新发展未按规定程序废止制度或修订章程，可能面临以下风险：
- 决议无效：根据《公司法》第22条，股东会或董事会决议内容违反法律、行政法规的无效。例如，未经股东会审议直接废止涉及股东权利的制度，可能被法院认定无效。
- 行政处罚：未办理工商变更登记的，市场监管部门可责令限期登记或处以罚款（《公司法》第211条）。
- 股东诉讼：股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，要求公司纠正违规行为。
四、延伸建议：公司制度变更的合规要点
- 程序合规性审查：变更前需核对《公司法》及公司章程规定的审议权限（如董事会/股东会审议范围）。
- 文件存档：保留董事会、股东会决议原件及表决记录，作为合规证明。
- 信息披露：若为上市公司，需按《证券法》及交易所规则及时公告变更内容。
总结：盈新发展此次章程修订及制度废止需严格履行董事会审议、股东会表决及工商登记程序。公司应确保各环节符合《公司法》要求，避免因程序瑕疵导致决议无效或行政处罚。如有进一步疑问，可直接向我咨询公司治理合规问题。