结论：公司在厂区闲置地埋磷渣是否违法，需结合具体情况判断，主要涉及是否违反环保、土地管理以及安全生产等相关法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、环保法规角度
磷渣的性质与环保要求：
- 磷渣若含有有害物质，如重金属、放射性物质等，其处理需严格遵守环保法规。根据《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》等相关法律，对危险废物的处理有严格规定，包括贮存、处置、利用等环节均需符合环保标准。
- 若磷渣被认定为危险废物，公司未经许可擅自埋藏，将构成违法行为，可能面临环保部门的处罚，包括罚款、责令改正、甚至刑事责任。
环保审批与许可：
- 即便磷渣不属于危险废物，公司在处理前也需向环保部门申请相关许可，确保处理过程符合环保要求。未经审批擅自处理，同样可能构成违法。
二、土地管理法规角度
土地用途与规划：
- 厂区闲置地的使用需符合土地利用总体规划和城乡规划。若埋磷渣的行为改变了土地用途，如将工业用地变为垃圾填埋场，且未经相关部门批准，将违反土地管理法规。
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律，未经批准擅自改变土地用途，可能面临土地管理部门的处罚，包括责令恢复原状、罚款等。
土地污染与修复：
- 若埋磷渣导致土地污染，公司需承担土地修复责任。根据《中华人民共和国土壤污染防治法》等相关法律，污染土地的责任人需采取措施修复土地，防止污染扩散。
三、安全生产法规角度
安全隐患与风险评估：
- 埋磷渣可能带来安全隐患，如地下水位变化、土壤结构破坏等，进而影响厂区及周边区域的安全。公司需进行风险评估，并采取措施消除安全隐患。
- 根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律，公司有义务确保生产经营活动的安全，对可能存在的安全隐患需及时排查和治理。
应急预案与处置：
- 若埋磷渣行为可能引发突发事件，如环境污染事故、安全事故等，公司需制定应急预案，并定期组织演练。在事件发生时，需及时启动应急预案，采取有效措施控制事态发展。
建议与措施
合规性审查：
- 公司应首先对磷渣的性质进行鉴定，确定其是否属于危险废物。同时，审查埋磷渣行为是否符合环保、土地管理和安全生产等相关法律法规的要求。
申请审批与许可：
- 若埋磷渣行为需经相关部门审批，公司应尽快向相关部门提交申请，并按照要求提供相关资料和证明。在获得审批前，不得擅自进行埋磷渣行为。
采取环保措施：
- 在埋磷渣过程中，公司应采取有效的环保措施，如设置防渗层、建设渗滤液收集系统等，防止磷渣对土壤和地下水造成污染。
制定应急预案：
- 公司应制定针对埋磷渣可能引发的突发事件的应急预案，并定期组织演练。在事件发生时，能够迅速启动应急预案，采取有效措施控制事态发展。
若您对公司埋磷渣行为是否违法仍有疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。