核心结论：员工请假多导致工资出现负数的情况，需根据请假类型、公司规章制度及法律法规综合处理，具体如下：

1. 区分请假类型，明确工资扣除规则
   根据《工资支付暂行规定》，员工请假分为事假、病假、带薪年休假等类型，不同类型工资扣除规则不同：

   • 事假：通常为无薪假，公司可按实际请假天数扣除日工资（日工资=月工资÷21.75天）。若员工当月事假天数过多，扣除后工资可能低于最低工资标准，此时公司需按最低工资标准支付，不得出现负数。
     
   • 病假：员工因病或非因工负伤请假，公司需按当地规定支付病假工资（通常为正常工资的60%-100%，且不低于最低工资标准的80%）。若员工病假期间工资扣除后仍高于最低工资标准，可按比例扣除；若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。
     
   • 带薪年休假、婚假、产假等：这些假期为法定带薪假，公司不得扣除工资。若员工因请假导致工资“负数”，可能是公司计算错误，需核实并纠正。

2. 核查公司规章制度是否合法
   公司规章制度中关于请假扣薪的条款需符合法律法规：

   • 若规章制度规定“请假超过一定天数后，工资扣完为止”，但未明确最低工资保障，则该条款可能违法（因可能导致工资低于最低标准）。
     
   • 若规章制度规定“请假导致工资负数时，员工需补缴”，此条款因违反《劳动法》中“工资不得低于最低标准”的规定而无效。
     建议：公司应修订规章制度，明确“请假扣薪后工资不低于最低工资标准”，并经民主程序（如职工代表大会）审议通过后公示。

3. 处理工资负数的具体步骤

   • 第一步：核对考勤与工资计算：检查员工请假记录、工资计算方式（如是否误将社保个人部分、个税等计入扣除项），确认“负数”是否因计算错误导致。
     
   • 第二步：补发工资或调整扣除：若因计算错误导致负数，公司需补发工资；若因请假天数过多，需按最低工资标准调整扣除金额（如原扣除后工资为-200元，则按最低工资标准补足差额）。
     
   • 第三步：与员工沟通协商：向员工解释工资计算依据，若员工对结果有异议，可协商调整（如分期扣除、用加班工资抵扣等），避免劳动争议。

4. 法律风险提示

   • 若公司强行按“负数”结果发放工资，员工可能以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金（《劳动合同法》第38条、第46条）。
     
   • 若公司规章制度违法，员工可向劳动监察部门投诉，公司可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）。
     

总结：员工请假多导致工资“负数”时，公司需优先保障最低工资标准，核查规章制度合法性，通过沟通协商解决问题。若您遇到具体案例或需进一步分析，可直接向我咨询。