核心结论：公司正常运行但申请破产时，员工权益受法律保护，具体权益实现需结合破产程序阶段及企业资产状况综合判断。以下是分情况说明：

1. 破产申请阶段：员工工资及社保优先受偿

根据《企业破产法》第113条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，第一顺序清偿的即为“破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金”。

• 关键点：即使公司进入破产程序，员工工资、社保及经济补偿金（如劳动合同解除的补偿）仍享有优先权，优先于普通债权（如供应商货款、银行贷款）受偿。
  
• 例外情形：若公司资产不足以清偿全部优先债权，员工可能无法全额获偿，但优先权仍保障其相对其他债权人的优先地位。

2. 破产清算与重整程序对员工权益的影响

• 破产清算：公司终止经营，资产变卖后按法定顺序清偿债务。员工需关注管理人公告的债权申报流程，及时申报工资、经济补偿金等债权。
  
• 破产重整：公司可能继续经营，员工劳动关系通常保留，但需接受重整计划调整（如暂缓发放工资、调整薪酬结构）。根据《企业破产法》第82条，职工债权组需对重整计划草案表决，若未通过，法院可强制批准（需满足特定条件）。
  
• 风险提示：若重整失败转入清算，员工权益实现可能延迟或打折。

3. 经济补偿金的计算与主张

• 计算标准：根据《劳动合同法》第47条，经济补偿金按员工在本单位工作年限，每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的按1年计算；不满6个月的支付半个月工资。
  
• 上限限制：月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资3倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资3倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过12年。
  
• 主张方式：员工需在破产程序中通过管理人申报债权，或向法院提起诉讼确认债权（如管理人未依法列支）。

4. 员工权益保护的实务建议

• 及时申报债权：关注管理人发布的债权申报公告，按期提交劳动合同、工资条、社保记录等证据。
  
• 参与债权人会议：员工可推选代表参与会议，监督破产程序进展，对重整计划或财产分配方案行使表决权。
  
• 申请劳动仲裁：若公司破产前存在未签劳动合同、未缴社保等违法行为，可单独申请劳动仲裁主张权益（仲裁时效为1年）。
  
• 关注优先权实现：若发现管理人未依法将职工债权列入优先清偿范围，可向法院提出异议。

总结：公司破产不意味着员工权益必然受损，但需主动参与破产程序、依法主张权利。如遇具体问题（如债权申报材料准备、重整计划表决争议），可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性方案。