针对您提出的“户口已迁回农村土地确权证是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，户口的迁移与土地确权证（这里主要指宅基地使用权确权证）的合法性并不直接相关。土地确权证的合法性主要取决于土地使用权的取得是否合法、合规，以及是否符合相关法律法规的规定。

对于农民进城落户后的情况，根据《中共中央国务院关于实施乡村振兴战略的意见》以及《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》等相关政策文件，明确要求依法维护进城落户农民的宅基地使用权。这意味着，即使农民的户口已经迁出农村，只要他们原来合法取得了宅基地使用权，并且该使用权没有因为其他原因（如违法占用、长期闲置等）被收回或注销，那么他们仍然有权申请宅基地使用权的确权登记。

进一步来说，根据土地管理法实施条例以及农村土地承包法的相关规定，国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地和承包地，但禁止以退出宅基地或承包地作为农村村民进城落户的条件。这表明，户口的迁移并不是决定土地使用权是否合法的因素，而是农民可以根据自身情况自愿选择是否退出土地使用权。

因此，结合上述政策法规，我们可以得出结论：如果您的户口已经迁回农村（这里假设您原本就是农村户口，只是之前有过迁出情况），并且您原来合法取得了宅基地使用权，且该使用权未被收回或注销，那么您申请宅基地使用权的确权登记是合法的。

最后，需要提醒的是，土地确权证的具体办理流程和所需材料可能因地区而异，建议您在办理前咨询当地的不动产登记机构或相关部门，以确保办理过程的顺利进行。