结论：永久基本农田转为国有土地未办理征地审批手续，即便已超过二十多年，通常不可以直接补办审批手续，但需结合具体情况分析后续处理方式。

一、法律背景与核心规定

根据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条、第四十五条及第四十六条的规定：

1. 审批权限：征收永久基本农田需经国务院批准，且必须符合公共利益需要（如能源、交通、水利等基础设施建设）。
2. 程序要求：征收土地需依法完成“调查、评估、公告、听证、签订补偿协议”等前置程序，未履行程序的征收行为违法。
3. 时效限制：法律未明确规定征收审批的“补办期限”，但长期未履行法定程序可能导致行政行为被认定无效或撤销。

二、超二十年未审批的合法性分析

1. 程序违法性：
   若征收行为未依法取得国务院批准，且未履行公告、听证等程序，即使土地已实际使用，仍属于违法征收。根据《行政诉讼法》第七十四条，行政行为违法但存在“不撤销或确认违法无实际意义”的情形时，法院可能判决确认违法但不撤销，但补办审批手续缺乏法律依据。

2. 历史遗留问题处理：
   实践中，部分早期征收项目因历史原因未完善手续，但需满足以下条件才可能补办：

   • 土地已实际用于公共利益项目（如修建公路、学校等）；
     
   • 地方政府出具书面说明，承认程序瑕疵并承诺补正；
     
   • 符合现行土地利用总体规划。
     但永久基本农田的征收标准极为严格，超二十年未审批的项目几乎不可能通过补办手续合法化。

三、后续处理建议

1. 确认土地现状：

   • 通过查询当地国土资源部门档案，核实土地是否已被征收、用途是否变更；
     
   • 若土地仍登记为集体所有，可要求返还或主张补偿。

2. 行政救济途径：

   • 向自然资源部门申请信息公开，要求公开征收批文及程序文件；
     
   • 若未取得批文，可提起行政复议或诉讼，主张征收行为违法并要求赔偿。

3. 协商与补偿：

   • 若土地已被实际使用，可与用地单位协商补偿标准（参考当地征收补偿方案）；
     
   • 协商不成时，可通过法律途径主张按现行标准补偿（需注意诉讼时效问题）。

四、风险提示

1. 补办手续的可行性极低：
   永久基本农田的征收需国务院批准，且程序严格，超二十年未审批的项目几乎无法通过补办手续合法化。

2. 行政行为被确认违法的后果：
   若法院判决征收行为违法，用地单位可能需返还土地或支付赔偿，但实际执行中可能面临土地已开发、无法返还的困境。

3. 诉讼时效问题：
   若主张权利，需注意《行政诉讼法》第四十六条规定的“起诉期限”（通常为知道行政行为之日起6个月内），但长期未告知征收事实的，可能适用最长保护期（20年）。

五、总结建议

1. 立即行动：尽快通过信息公开、查询档案等方式固定证据，避免证据灭失；
   
2. 咨询专业律师：结合土地现状、历史文件等材料，制定具体维权方案；
   
3. 谨慎选择救济途径：根据土地是否已被实际使用、补偿是否合理等因素，决定是主张返还土地还是要求赔偿。

如有进一步问题或需具体法律方案，可直接向我咨询。