结论：公司股权是否算作遗产，需根据具体情况判断。若公司股权属于夫妻共同财产，则女方死亡后，其配偶所持有的公司股权中，属于女方的部分应作为遗产处理；若公司股权不属于夫妻共同财产，则一般不作为遗产处理。

分析说明：

1. 夫妻共同财产的认定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条的规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的生产、经营、投资的收益，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。因此，若公司是在婚姻关系存续期间设立或女方在婚姻关系存续期间取得公司股权，且未明确约定为个人财产的，该股权应视为夫妻共同财产。
   • 在夫妻共同财产的情况下，女方死亡后，其配偶所持有的公司股权中，属于女方的部分（即一半，若未有其他约定）应作为遗产，按照法定继承或遗嘱继承的方式进行处理。

2. 非夫妻共同财产的认定：

   • 若公司股权是女方在婚前取得，或者婚后明确约定为个人财产的，则该股权不属于夫妻共同财产。
   • 在非夫妻共同财产的情况下，女方死亡后，其配偶所持有的公司股权一般不作为遗产处理，而是由女方个人财产的继承人进行继承。但需注意，若女方在遗嘱中指定了公司股权的继承人，则应按照遗嘱执行。

3. 特殊情况的处理：

   • 若公司股权的继承涉及到其他股东的优先购买权等特殊规定，还需根据《中华人民共和国公司法》的相关规定进行处理。例如，若其他股东行使优先购买权，则遗产继承人可能无法直接继承公司股权，而是获得相应的股权转让款。
   • 另外，若公司章程或股东协议中对股权继承有特别约定，如禁止继承、限制继承等，也应按照约定执行。

行动建议：

• 确认股权性质：首先，需要确认公司股权是否属于夫妻共同财产。这可以通过查看公司设立时间、股权取得时间、夫妻财产约定等证据来确定。
• 收集证据材料：在确认股权性质后，需要收集相关证据材料，如结婚证、公司章程、股东协议、遗嘱等，以便在后续处理中提供证明。
• 协商或诉讼：根据股权性质和证据材料，与相关继承人进行协商，确定遗产分配方案。若协商不成，则可以通过诉讼方式解决争议。

后续法律后果：

• 若遗产分配方案确定后，相关继承人应按照方案履行义务。若一方不履行或履行不符合约定，另一方可以通过法律途径追究其责任。
• 若因股权继承问题引发公司内部纠纷或影响公司正常运营，公司应及时采取措施进行应对，如召开股东会、修改公司章程等。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。