核心结论：在绿灯跑一半变红灯时与直行绿灯车辆发生碰撞，处理的关键在于判断您的车辆是否已越过停止线，以及碰撞的具体情况和责任划分。以下分情况详细说明：
您的车辆已越过停止线时发生碰撞
- 处理方式：若您的车辆在绿灯时已合法越过停止线，并在红灯亮起后继续行驶过程中与直行绿灯车辆发生碰撞，这通常不构成闯红灯行为。但碰撞责任需根据双方行驶轨迹、速度、是否遵守交通规则等因素综合判断。
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，车辆在绿灯亮起时有合法的通行权。绿灯变红灯瞬间，若车辆已越过停止线，继续行驶不构成闯红灯。然而，碰撞责任需依据《道路交通安全法》中关于交通事故责任划分的条款来确定。
- 实际操作建议：立即停车，保护现场，并报警等待交警处理。在交警到来前，可尝试与对方驾驶员沟通，记录对方信息，但避免争吵或私了。
您的车辆未越过停止线时发生碰撞
- 处理方式：若您的车辆在绿灯变红灯时还未越过停止线，继续行驶则可能构成闯红灯，并与直行绿灯车辆发生碰撞。此时，您需承担闯红灯的违法责任，同时碰撞责任也需根据具体情况划分。
- 法律依据：红灯亮起时，表示禁止通行。若车辆未越过停止线继续行驶，则违反交通规则，可能面临罚款、扣分等处罚。碰撞责任则依据《道路交通安全法》中关于交通事故责任划分的条款来确定。
- 实际操作建议：同样立即停车，保护现场，并报警。在等待交警处理的过程中，如实陈述事实，配合调查。若对责任划分有异议，可在交警出具事故责任认定书后，依法申请复核或提起诉讼。
特殊情况处理
- 信号灯故障：若因信号灯故障导致绿灯突然变红灯，并引发碰撞，驾驶员应保持冷静，及时报警并说明情况。交警部门会根据实际情况进行调查，并出具事故责任认定书。
- 紧急避险：若在行驶过程中为避免与前方障碍物或其他车辆发生碰撞而紧急制动或变道，导致与直行绿灯车辆发生碰撞，且该行为符合紧急避险的构成要件（即情况紧急、不得已采取的措施、没有超过必要限度造成不应有的损害），则可能减轻或免除责任。但具体责任划分仍需由交警部门根据实际情况判断。
注意事项：
- 严格遵守交通规则：无论何种情况，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。
- 时刻观察信号灯：在行驶过程中，要时刻注意观察信号灯的变化，提前做好预判和准备。
- 保持安全距离：与前车保持安全距离，以便在紧急情况下有足够的时间和空间做出反应。
- 了解当地交通管理规则：由于各地交通管理规则可能略有差异，驾驶员应了解并遵守当地的交通管理规则。
后续行动建议：
- 在发生碰撞后，立即停车并保护现场，避免二次事故的发生。
- 及时报警并等待交警处理，如实陈述事实，配合调查。
- 若对责任划分有异议或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。