关于网签三方协议中企业签字是否可以不使用电子章的问题，这主要取决于相关法律法规以及具体协议双方的约定。
首先，从法律法规的角度来看，《中华人民共和国电子签名法》第三条明确规定：“民事活动中的合同或者其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用或者不使用电子签名、数据电文。当事人约定使用电子签名、数据电文的文书，不得仅因为其采用电子签名、数据电文的形式而否定其法律效力。” 这意味着，在民事活动中，包括网签三方协议，双方有权约定是否使用电子签名或数据电文，且一旦约定使用，其法律效力是不容置疑的。
进一步地，对于电子证照和电子印章的效力，多部法规和规章都进行了明确。例如，《国务院关于在线政务服务的若干规定》第十条指出：“国家建立电子证照共享服务系统，实现电子证照跨地区、跨部门共享和全国范围内互信互认。电子证照与纸质证照具有同等法律效力。” 同时，《上海市优化营商环境条例》第三十三条也规定：“企业办理政务服务事项，使用的符合法律规定条件的可靠的电子签名，与手写签名或者盖章具有同等法律效力；电子印章与实物印章具有同等法律效力；电子证照与纸质证照具有同等法律效力，但法律、行政法规另有规定的除外。”
然而，这并不意味着在所有情况下都必须使用电子章。如果协议双方明确约定不使用电子章，而是采用其他形式的签字或盖章方式，如手写签名、扫描件盖章等，并且这种方式不违反相关法律法规的强制性规定，那么这种约定也是有效的。但需要注意的是，非电子章的使用可能会增加协议签署和管理的复杂性和成本，例如需要邮寄纸质文件、进行人工核对等。
因此，对于网签三方协议企业签字是否可以不使用电子章的问题，我的建议是：
查看协议约定：首先查看三方协议中是否有关于签字方式的明确约定。如果协议中已经约定了使用电子章，那么企业应当遵守这一约定。
协商确定：如果协议中没有明确约定签字方式，或者双方希望变更签字方式，那么可以通过协商来确定。在协商过程中，双方可以充分考虑各自的实际情况和需求，选择最适合的签字方式。
遵守法律法规：无论选择哪种签字方式，都必须确保符合相关法律法规的强制性规定。例如，如果选择使用电子章，必须确保电子章的真实性、合法性和有效性；如果选择不使用电子章，则必须确保其他签字方式不违反法律法规的禁止性规定。
综上所述，网签三方协议企业签字是否可以不使用电子章取决于协议双方的约定和法律法规的规定。在做出决定前，建议双方充分协商并仔细审查相关法律法规和协议条款。