刑事附带民事公益诉讼中，可以针对修复费用和服务功能损失费分别起诉。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律原则与规定
在刑事附带民事公益诉讼中，原告（通常是检察机关或符合条件的环保组织等）有权就因犯罪行为造成的环境损害提起民事赔偿请求。这包括但不限于修复环境的费用以及因环境受损而导致的服务功能损失费。法律并未禁止将这两项费用分开起诉，只要它们都是因同一犯罪行为造成的损害，并且符合起诉条件。
二、分别起诉的合理性
- 损害性质的不同：修复费用和服务功能损失费在性质上有所不同。修复费用是直接用于恢复环境原状的费用，而服务功能损失费则是因环境受损而导致的生态服务功能（如水源涵养、气候调节等）的丧失或降低所造成的经济损失。将这两项费用分开起诉，有助于更清晰地界定损害范围和赔偿标准。
- 诉讼策略的考虑：在诉讼过程中，原告可能根据案件的具体情况和证据收集情况，选择更有利的诉讼策略。例如，如果修复费用的证据更为充分，原告可能先就修复费用提起诉讼；待后续证据收集完毕后，再就服务功能损失费提起诉讼。这种分步起诉的策略有助于降低诉讼风险，提高诉讼效率。
三、实际操作中的注意事项
- 确保起诉的连贯性：虽然可以分别起诉，但原告应确保两次起诉在事实和法律上具有连贯性。即，两次起诉都应基于同一犯罪行为造成的损害，并且赔偿请求应相互关联、不重复计算。
- 注意诉讼时效：原告在提起诉讼时，应注意诉讼时效的问题。根据相关法律规定，民事权利受到侵害后，应在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。否则，将可能丧失胜诉权。
- 充分准备证据：无论是就修复费用还是服务功能损失费提起诉讼，原告都应充分准备相关证据。这包括但不限于环境损害评估报告、修复方案及费用预算、服务功能损失的计算方法及依据等。只有证据充分、确凿，才能确保诉讼的顺利进行和胜诉的可能性。
四、可能的法律后果
如果原告分别就修复费用和服务功能损失费提起诉讼，并且得到了法院的支持，那么被告将需要分别承担这两项费用的赔偿责任。这有助于更全面地保护环境权益，促进环境的恢复和改善。
建议：在实际操作中，原告应根据案件的具体情况和证据收集情况，谨慎选择诉讼策略。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。