结论：医院死亡且死因有争议时，死亡证明的开具需视具体情况而定，但通常医院仍会开具死亡证明，不过该证明可能仅作为初步死亡记录，不涉及最终死因判定。若死因争议需通过法律程序解决，则可能涉及尸检及后续鉴定流程。
一、医院死亡且死因有争议时死亡证明的开具
正常死亡情况下的开具：
- 在医院内，若患者经抢救无效宣布临床死亡，且死因相对明确（如疾病终末期、多器官功能衰竭等），负责救治的执业医师会依据病历资料及临终状态填写《居民死亡医学证明（推断）书》。此证明会详细记录患者的基本信息、死亡原因、死亡时间等关键内容，并由医院相关部门审核盖章后生效。
- 死因争议的影响：即便死因存在争议，只要医院认为根据现有病历资料及临床判断能够初步确定死因，仍会开具死亡证明。但该证明可能注明“死因待查”或“死因有争议”，以提示后续可能需要的进一步调查。
非正常死亡或死因高度争议情况下的处理：
- 对于意外伤害、自杀、他杀、中毒、医疗事故等非正常死亡情况，或死因存在高度争议且无法通过现有病历资料明确时，医院可能会暂停开具最终死因的死亡证明，而是先开具一份初步死亡记录，注明“死因待进一步调查”。
- 公安机关的介入：在此类情况下，公安机关可能会介入调查，特别是当涉及医疗纠纷、刑事犯罪嫌疑时。公安机关会根据调查结果，决定是否由其或其他有权部门（如医疗事故鉴定机构）出具最终的死亡原因证明。
二、死因争议下的法律程序及影响
尸检的必要性：
- 根据《医疗事故处理条例》第十八条，若患者死亡且医患双方对死因存在争议，应在患者死亡后48小时内进行尸检（具备尸体冻存条件可延至7日内）。尸检是明确死因、解决争议的关键环节。
- 拒绝尸检的后果：若一方拒绝或拖延尸检导致死因无法判定，责任方可能承担不利后果。例如，患方拒绝尸检可能导致其无法充分证明医疗过错与死亡之间的因果关系，从而在诉讼中处于不利地位。
医疗事故鉴定及诉讼：
- 在死因争议未解决前，医疗事故鉴定可能因证据不足而难以进行。但若医患双方能够提供其他充分证据（如病历、影像资料、专家意见等），鉴定机构仍可能受理并出具鉴定意见。
- 诉讼中的举证责任：根据《民法典》第一千二百二十二条，若医疗机构隐匿病历、拒绝提供资料，可推定其有过错。但若因未尸检导致死因无法查明，患方可能需承担举证不能的风险。因此，在死因争议下，及时尸检并保留相关证据至关重要。
三、建议与注意事项
及时沟通与协商：
- 在死因存在争议时，医患双方应及时沟通，尽量通过协商或法律程序申请尸检，以固定关键证据。避免因拖延或拒绝尸检而导致证据灭失或责任难以划分。
保留与收集证据：
- 患方应妥善保留病历、诊断记录、检查报告等医疗资料，并尽可能收集其他间接证据（如目击者证言、现场照片等），以支持其主张。
寻求专业法律帮助：
- 在死因争议及医疗纠纷处理过程中，建议患方及时寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助患方维护其合法权益。
总结：医院死亡且死因有争议时，死亡证明的开具需结合具体情况判断。即便死因存在争议，医院通常仍会开具初步死亡证明，但可能注明死因待查或存在争议。为解决死因争议，及时尸检并保留相关证据至关重要。在处理此类纠纷时，建议医患双方及时沟通、保留证据并寻求专业法律帮助。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。