核心结论：针对您发现公司借款被错误登记为法人实收资本的情况，需分步骤通过内部核查、协商沟通、法律程序等途径补救，具体如下：

一、内部核查与证据固定

1. 核查公司财务记录
   首先需全面审查公司财务账簿、银行流水、股东名册等原始凭证，确认借款的具体性质（如借款合同、转账备注、利息支付记录等）及实收资本的登记依据（如验资报告、股东会决议）。若借款与实收资本在法律性质上存在本质差异（如借款需偿还，实收资本属股东权益），则登记错误可能涉及财务造假或违规操作。

2. 固定关键证据
   收集借款合同、转账凭证、公司章程、股东会决议等书面材料，并留存电子版或复印件。若公司拒绝提供相关文件，可通过书面函件要求其配合核查，并保留函件送达证据（如邮寄回执、电子邮件截图），为后续法律行动提供依据。

二、与公司协商纠正登记

1. 提出书面异议
   向公司管理层或董事会提交书面异议，明确指出借款与实收资本的法律区别，要求公司立即修正财务记录及工商登记信息。若公司以“股东借款转增资本”等理由辩解，需要求其提供符合《公司法》规定的增资程序证据（如股东会决议、验资报告、修改后的章程）。

2. 协商解决方案
   若公司承认错误，可协商签订补充协议，明确借款性质及还款计划，并要求公司配合办理工商变更登记（如减少实收资本、恢复借款记录）。若公司拒绝配合，需评估其动机（如逃避债务、虚增资产），并考虑采取法律手段。

三、法律程序补救

1. 行政投诉与举报
   若公司存在财务造假或违规登记行为，可向当地市场监督管理局（原工商局）提交举报材料，要求其调查并责令公司改正。根据《公司登记管理条例》，虚假登记可能面临罚款、撤销登记等处罚，且公司需承担行政责任。

2. 民事诉讼主张权利

   • 确认合同无效之诉：若公司未经您同意将借款转为实收资本，可起诉要求确认相关增资协议无效（如无股东会决议、未履行验资程序），并恢复借款原状。
     
   • 返还借款之诉：若借款被非法占用，可依据《民法典》合同编要求公司返还借款本金及利息（如借款合同有约定）。
     
   • 股东资格否认之诉：若您被错误登记为股东，可起诉要求确认不具有股东资格，并消除工商登记中的错误信息。

3. 刑事报案（如涉及犯罪）
   若公司通过伪造文件、虚报注册资本等手段骗取登记，可能涉嫌《刑法》第158条“虚报注册资本罪”或第159条“虚假出资、抽逃出资罪”。您可向公安机关报案，要求追究相关责任人刑事责任。

四、预防风险扩散

1. 关注公司债务
   若公司已将错误登记的实收资本用于对外担保或融资，您可能面临被追认为股东的风险（如债权人要求您在未出资范围内承担责任）。需及时向债权人声明借款性质，并保留证据。

2. 税务合规审查
   借款与实收资本的税务处理不同（如借款利息可税前扣除，实收资本分红需缴纳所得税）。若公司因错误登记导致税务申报异常，您可能被牵连。建议同步向税务机关说明情况，避免税务风险。

行动建议：优先通过协商解决，若公司拒绝配合，立即启动法律程序。具体操作需结合证据充分性、公司态度及风险承受能力综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体方案。