以市政府为被告的民事案件，实际上在司法实践中更常见的是作为行政诉讼案件处理，其管辖法院的确定主要遵循《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一般规定：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十五条第一项，对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件，由中级人民法院管辖。因此，以市政府为被告的行政诉讼案件，原则上应由该市政府所在地的中级人民法院管辖。
特殊情况下的管辖调整：
- 经过复议的案件：如果案件经过了行政复议，且复议机关改变了原行政行为，那么原告可以选择向最初作出行政行为的行政机关（即市政府）所在地的人民法院起诉，也可以选择向复议机关所在地的人民法院起诉。但无论选择哪个法院，由于原行政行为是由市政府作出的，所以最终仍可能由中级人民法院管辖。
- 限制人身自由的强制措施或处罚引发的案件：根据《行政诉讼法》第十九条，对限制人身自由的行政强制措施不服提起的诉讼，由被告所在地或者原告所在地人民法院管辖。这里的“原告所在地”包括原告的户籍所在地、经常居住地和被限制人身自由地。然而，在市政府作为被告的情况下，由于级别管辖的限制，这类案件通常仍会由中级人民法院管辖，只是在地域管辖上有所放宽。
- 不动产专属管辖：因不动产提起的行政诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。但如果案件涉及的是市政府的行政行为（如征收决定等），且该行为与不动产相关，那么虽然地域管辖指向不动产所在地，但级别管辖仍应遵循上述原则，即由中级人民法院管辖。
跨行政区域集中管辖与指定管辖：
- 在某些情况下，为了优化司法资源配置、提高审判效率或避免地方保护主义等因素，高级人民法院可能会报请最高人民法院批准后，实行跨行政区域集中管辖或指定管辖。这意味着原本应由某中级人民法院管辖的案件，可能会被指定由其他中级人民法院或专门法院审理。
关于民事案件的特别说明：
- 通常情况下，以市政府为被告的案件更倾向于行政诉讼，因为市政府作为行政机关，其行为多涉及公共管理和服务，容易引发行政争议。
- 如果确实存在以市政府为被告的民事案件（如市政府作为民事主体参与的合同纠纷等），则应遵循《中华人民共和国民事诉讼法》关于管辖的规定，通常根据案件性质、标的额等因素确定基层人民法院或中级人民法院管辖。但这种情况相对较少见，且具体管辖法院需根据案件具体情况判断。
总结与建议：
- 在大多数情况下，以市政府为被告的案件应作为行政诉讼案件处理，并由中级人民法院管辖。
- 如果您确实面临以市政府为被告的民事案件，建议详细分析案件性质、标的额等因素，以确定具体的管辖法院。
- 在处理此类案件时，建议咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保障。
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