结论：合同专用章能否用于盖质保金相关文件，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同专用章的效力范围
   合同专用章是专门用于签订、履行合同的印章，其法律效力通常限于合同本身。若质保金条款已明确写入主合同（如买卖合同、施工合同等），且合同中未限制印章使用范围，则用合同专用章加盖质保金相关文件（如质保金返还申请、确认函等）原则上有效，因为此类文件属于合同履行的延伸。

2. 需区分单独质保金协议的情形
   若质保金条款独立于主合同（例如单独签订《质保金协议》），则需根据协议约定判断印章使用要求：

   • 若协议明确要求使用“公司公章”或“财务专用章”，则合同专用章无效，可能因印章不符导致协议未生效；
     
   • 若协议未明确印章类型，则合同专用章可能有效，但需结合交易习惯、对方是否认可等因素综合判断。

3. 实务风险与建议

   • 风险点：合同专用章滥用可能导致表见代理风险（如员工私盖印章引发公司责任），或因印章与文件性质不符被对方主张协议无效。
     
   • 建议：
     
     • 优先使用公司公章或财务专用章处理质保金事宜；
       
     • 若必须使用合同专用章，应在合同或协议中明确约定“合同专用章可用于与本合同相关的所有文件，包括质保金事宜”；
       
     • 保留印章使用审批记录，避免私盖风险。

总结：合同专用章能否盖质保金相关文件，需结合合同条款、协议约定及实务风险综合判断。如有具体案例或合同文本，可进一步提供细节，我将为您详细分析。