是否要求合作公司禁止从事同类行业，取决于双方的具体约定。具体分析如下：

一. 合作协议的约定

1. 协议内容决定：合作双方是否可以在同类行业中从事业务，首先应当查看双方签订的合作协议中是否有明确的条款进行约定。如果协议中明确规定了禁止从事同类行业的条款，那么合作公司就应当遵守这一约定，不得从事同类行业。
2. 违约后果：如果合作公司违反了协议中的禁止条款，从事了同类行业，那么根据协议的约定，可能会面临违约责任，包括但不限于赔偿损失、解除合作协议等。

二. 法律法规的约束

1. 一般原则：在法律法规层面，并没有普遍性的规定要求合作公司必须禁止从事同类行业。是否禁止，主要还是依赖于合作双方的协议约定。
2. 特殊情况：但在某些特定情况下，如涉及商业秘密、知识产权保护等，法律法规可能会有相应的规定来限制或禁止某些行为，这可能会间接影响到合作公司是否能从事同类行业。例如，如果合作过程中涉及到了核心技术的转让，那么根据《技术转让合同》的相关法律规定，受让方可能需要承担一定的保密义务和竞业禁止义务。

三. 实际操作的考虑

1. 商业策略：从商业策略的角度来看，合作双方可能会出于保护自身利益、避免竞争等考虑，在协议中约定禁止从事同类行业。这样的约定有助于维护合作的稳定性和双方的利益。
2. 灵活性：当然，也并非所有合作都必须要求禁止从事同类行业。在某些情况下，双方可能会选择更加灵活的合作方式，允许对方在一定范围内从事同类行业，或者通过其他方式来平衡双方的利益。

我的观点：是否要求合作公司禁止从事同类行业，应当根据双方的具体情况和合作需求来灵活决定。在签订合作协议时，应当明确约定相关条款，以确保双方的权益得到充分保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。