在股权转让协议中，关于违约金的每日计算比例（无论是百分之多少还是千分之多少），实际上并没有一个固定的法定标准。这一比例主要由转让方和受让方在股权转让合同中，基于双方的真实意愿和协商结果来确定，这充分体现了合同自由原则。
一、违约金的约定与自主性
股权转让协议中的违约金条款，是双方当事人在平等、自愿的基础上，对违约行为可能造成的损失进行预先评估和约定的结果。因此，违约金的每日计算比例，如每日按转让价款的百分之几或千分之几，完全取决于双方的协商和约定。
二、违约金的合理范围与实践参考
虽然法律没有明确规定违约金的每日计算比例，但在实践中，常见的违约金比例（通常指整体违约金，而非每日比例，但可类比推断）可能在转让价款的10%至30%之间作为整体违约的参考范围。若要将此范围转化为每日比例，则需根据合同期限、违约可能持续的时间等因素进行综合考虑和调整。然而，这仅是一个大致的参考，并非绝对标准。具体每日计算比例应根据合同的实际情况、双方的谈判地位、市场惯例以及违约可能造成的具体损失等因素来综合确定。
三、违约金的法律限制与调整
无论双方约定的违约金每日计算比例如何，都必须遵守法律对违约金的一般限制。即，约定的违约金不应超过守约方实际损失的30%。如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。反之，如果违约金过低，不足以弥补守约方的损失，守约方也可以请求适当增加。
四、实际操作中的建议
充分协商：在签订股权转让协议时，双方应充分协商违约金的每日计算比例，确保这一比例既符合市场惯例，又能有效维护自身权益。
明确条款：违约金条款应明确、具体，包括违约金的计算方法、支付时间、支付方式等，以避免未来发生纠纷。
考虑实际损失：在约定违约金时，双方应充分考虑违约行为可能造成的实际损失，包括直接损失和间接损失，以确保违约金的合理性和公平性。
寻求法律意见：在签订股权转让协议前，双方可以寻求专业法律意见，以确保协议内容的合法性和有效性。
综上所述，股权转让协议中的违约金每日计算比例应由双方当事人在合法、合理的前提下自行约定，并受到一定法律限制。在实际操作中，双方应充分考虑各种因素，确保违约金的设定既符合市场惯例，又能有效维护自身权益。