结论：未经业主允许，小区物业联系供热公司在小区楼顶安装管道的行为，一般是不合法的。
一、法律角度分析
业主的建筑物区分所有权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。
- 小区楼顶作为建筑物的共有部分，其使用和管理应当由全体业主共同决定。物业未经业主同意，擅自允许供热公司安装管道，侵犯了业主的共有和共同管理权利。
物业的职责和权限：
- 物业公司的职责主要是为业主提供物业服务，包括但不限于安保、清洁、绿化等。其权限来源于业主大会或业主委员会的授权。
- 物业无权擅自决定对共有部分进行改造或安装设施，除非得到业主大会或业主委员会的明确授权。
二、实际操作角度分析
物业行为的合法性：
- 物业在未经业主允许的情况下联系供热公司安装管道，这一行为缺乏合法的决策程序和授权依据。
- 即使物业认为安装管道是为了提升小区供暖效率或满足其他公共利益，也应当通过合法途径（如召开业主大会）获得业主的同意。
业主的权益保护：
- 业主有权对物业的违法行为提出异议，并要求物业停止侵权行为、恢复原状或赔偿损失。
- 业主可以通过向业主委员会反映、召开业主大会讨论或向相关部门投诉等方式来维护自己的权益。
三、可能的法律后果
物业承担的法律责任：
- 如果物业的行为被认定为违法，物业可能需要承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。
- 在严重情况下，物业还可能面临行政处罚或刑事责任（如构成故意毁坏财物罪等）。
供热公司的责任：
- 供热公司作为管道安装的实施者，如果明知物业未经业主允许而擅自安装管道，也可能承担一定的法律责任。
- 供热公司应当在进行安装前核实物业的授权情况，确保安装行为的合法性。
四、建议与措施
业主应如何应对：
- 业主可以首先与物业进行沟通，要求物业停止侵权行为并恢复原状。
- 如果沟通无果，业主可以向业主委员会反映情况，或召开业主大会进行讨论和决策。
- 必要时，业主还可以向相关部门（如房管部门、城管部门等）投诉或寻求法律援助。
物业应如何改进：
- 物业应当加强与业主的沟通和协商，确保在涉及共有部分的事项上获得业主的同意。
- 物业应当建立健全的决策程序和授权机制，避免擅自决定或实施可能侵犯业主权益的行为。
作为代雨庭律师，我建议您在遇到类似问题时，及时与物业沟通并保留相关证据。如果问题无法得到妥善解决，您可以向我咨询或寻求其他法律途径来维护自己的权益。