当犯罪嫌疑人拒不承认罪行时，司法机关会依据一套严谨、科学的流程来处理，确保案件的公正审理和准确判决。以下是对这一问题的详细解答：
一、证据收集与审查
收集客观证据： 司法机关在侦查阶段，会全面、细致地收集除犯罪嫌疑人供述以外的其他各类证据。这些证据包括但不限于物证（如作案工具、赃物等）、书证（如合同、账本等）、证人证言（目击者、知情人的陈述）、视听资料（监控录像、录音等）以及电子数据（如聊天记录、转账记录等）。这些证据能够形成有力的证明链条，即使犯罪嫌疑人拒不承认，也能有效证明其犯罪事实。
证据审查标准： 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担。检察机关在审查起诉时，会严格审查案件的全部证据，确保它们达到“事实清楚，证据确实、充分”的起诉标准。这意味着，只要证据确凿且能相互印证，即使犯罪嫌疑人不认罪，检察机关仍可依法提起公诉。
法庭质证与辩论： 在法庭审判过程中，控方会通过出示证据、传唤证人等方式，对犯罪事实进行全面、客观的证明。被告人及其辩护人则有权进行质证和辩护，提出自己的观点和证据。然而，如果辩护观点缺乏合理依据和证据支持，法庭将根据庭审情况和证据规则，作出公正的裁决。
二、法律后果
存疑不起诉： 如果犯罪嫌疑人坚决不认罪，且其他证据不充分，无法形成完整的证据链，检察机关可能会做出存疑不起诉的决定。这意味着，因证据不足，检察机关不会将案件提起公诉，犯罪嫌疑人暂时不会受到法律的制裁。但这并不意味着他们完全摆脱了嫌疑，如果后续有新的证据出现，案件仍可能被重新审查。
影响量刑： 犯罪嫌疑人拒不认罪，将不能被认定为坦白，因此不能享受坦白从宽的量刑优惠。相反，拒不认罪被视为不配合办案机关的行为，检察机关在提起公诉时，可以建议法院从重处罚。
影响减刑、假释： 在减刑、假释方面，积极改造、认罪悔罪是重要条件。如果犯罪嫌疑人拒不认罪，表明他们缺乏悔罪表现，这将严重影响他们申请减刑、假释的机会。监狱等执行机关在申报减刑、假释时，通常不会考虑这类罪犯，即便申报，法院也会谨慎审查、从严把握。
三、实际案例分析
以“王浩文拐卖儿童案”为例，一审时王浩文被判处死刑，他不服提出上诉。在二审庭审中，王浩文仍拒不认罪，只承认部分拐卖案件。然而，法院并没有单纯依赖他的口供，而是根据其他确凿、充分的证据，作出了公正的判决。这一案例充分说明了证据在刑事审判中的决定性作用。即使犯罪嫌疑人拒不认罪，只要证据确凿、充分，他们也将面临法律的制裁。
综上所述，犯罪嫌疑人拒不承认罪行并不会影响司法机关对案件的审理和判决。关键在于司法机关能否收集到充分、确凿的证据来证明犯罪事实。因此，在刑事诉讼中，证据的收集和审查至关重要，是确保司法公正和准确判决的基础。