投标人是总公司，质疑人是分公司，这种情况下的质疑通常是有效的，但具体有效性需根据分公司的法律地位及授权情况来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、分公司法律地位对质疑有效性的影响
分公司具有独立诉讼主体资格时：
- 若分公司依法设立并领取了营业执照，根据《民事诉讼法》及相关司法解释，分公司具有独立的诉讼主体资格。在此情况下，分公司作为质疑人，其质疑行为在法律上是被认可的，即质疑有效。
- 法律依据：《民事诉讼法》第五十一条规定：“公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人。法人由其法定代表人进行诉讼。其他组织由其主要负责人进行诉讼。”其中，“其他组织”包括合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，如分公司。
分公司不具有独立诉讼主体资格时：
- 若分公司未依法设立或未领取营业执照，则其不具有独立的诉讼主体资格。在此情况下，分公司作为质疑人，其质疑行为可能因缺乏法律主体资格而被视为无效。但若分公司以总公司的名义进行质疑，且得到了总公司的明确授权，则质疑行为可能被视为有效。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能未明确提及此情况，但根据民事诉讼的基本原理，只有具备法律主体资格的主体才能独立进行民事诉讼行为。
二、授权情况对质疑有效性的影响
总公司明确授权分公司质疑：
- 若总公司明确授权分公司就特定投标事项进行质疑，则分公司的质疑行为在法律上是被认可的，即质疑有效。这种授权可以是书面的，也可以是口头的，但为了证明授权的真实性和合法性，建议采用书面形式。
总公司未授权或授权不明确：
- 若总公司未授权分公司进行质疑，或授权不明确，则分公司的质疑行为可能因缺乏合法依据而被视为无效。在此情况下，若分公司坚持进行质疑，可能会面临法律上的风险和责任。
三、实际操作建议
核实分公司法律地位：
- 在进行质疑前，应首先核实分公司的法律地位，确认其是否具有独立的诉讼主体资格。这可以通过查询分公司的营业执照、公司章程等文件来实现。
获取总公司明确授权：
- 若分公司希望以自身名义进行质疑，应确保获得总公司的明确授权。授权书应明确质疑的事项、范围、期限等关键内容，并加盖总公司公章以证明其真实性。
咨询专业律师：
- 在进行质疑前，建议咨询专业律师以获取法律上的专业意见。律师可以根据具体情况分析质疑的有效性，并提供相应的法律建议和指导。
总结来看，投标人是总公司时，质疑人是分公司的有效性取决于分公司的法律地位及是否获得总公司的明确授权。在实际操作中，应核实分公司的法律地位并获取总公司的明确授权以确保质疑的有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。