结论：在协议合同以民间借贷终审败诉的情况下，是否还可以以合同纠纷起诉，需视具体情况而定，但通常而言，若终审判决已对合同性质及双方权利义务作出明确认定，且该认定具有既判力，则一般不能再以合同纠纷为由另行起诉。不过，也存在一些例外情形，以下将详细分析。
一、终审判决的既判力影响
既判力原则：
- 终审判决是法院对案件作出的最终裁决，具有法律上的既判力。这意味着，一旦判决生效，除非存在法定事由（如新证据、程序违法等），否则该判决对双方当事人均具有约束力，不得随意推翻或重新审理。
对合同性质及权利义务的认定：
- 若终审判决已明确认定协议合同的性质为民间借贷，并对双方的权利义务作出了具体裁决，那么该认定即具有既判力。在此情况下，若再以合同纠纷为由起诉，可能会因“一事不再理”原则而被法院驳回。
二、例外情形分析
新证据的出现：
- 如果在终审判决后，出现了新的证据，且该证据足以推翻原判决对合同性质或双方权利义务的认定，那么可以依法申请再审或提起新的诉讼。但这种情况较为罕见，且需要满足严格的证据条件。
程序违法或裁判错误：
- 如果终审判决存在程序违法（如未依法传唤当事人、未依法组成合议庭等）或裁判错误（如法律适用错误、事实认定错误等），且这些错误影响了案件的公正裁决，那么可以依法申请再审。在再审过程中，如果法院认为原判决确有错误，可能会撤销原判决并重新审理。但这种情况同样需要满足严格的法定条件。
合同存在多重法律关系：
- 如果协议合同中除了民间借贷关系外，还存在其他独立的法律关系（如买卖合同关系、租赁合同关系等），且这些法律关系与民间借贷关系相互独立、互不影响，那么在民间借贷终审败诉后，仍有可能就其他法律关系提起合同纠纷诉讼。但这种情况需要具体分析合同内容及双方的权利义务关系。
三、法律建议
审慎评估诉讼风险：
- 在考虑是否以合同纠纷为由另行起诉前，应审慎评估诉讼风险。如果终审判决已对合同性质及双方权利义务作出明确认定，且该认定具有既判力，那么另行起诉的成功率可能较低。
寻求专业法律意见：
- 如果对终审判决或合同性质存在疑问，建议寻求专业律师的法律意见。律师可以根据具体情况分析诉讼风险，并提供合理的法律建议。
考虑其他解决途径：
- 如果诉讼风险较高或诉讼成本较大，可以考虑通过协商、调解等其他解决途径来化解纠纷。这些途径可能更加灵活、高效，且有助于维护双方的关系。
最后，如果您在合同纠纷或债务债权方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。