针对您提出的两个核心问题，我将分别进行解答：

1. 农村住宿占用耕地的处理方式

   • 法律定性：根据《土地管理法》第四十四条，占用耕地建设建筑物（包括农村住宿设施）需依法办理农用地转用审批手续。未经批准擅自占用耕地的行为属于违法占地，可能面临行政处罚甚至刑事责任。
   • 处理流程：
     1. 行政查处：县级以上自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，限期拆除或没收新建建筑物，并处以罚款（每平方米100元至1000元）。
     2. 刑事追责：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     3. 民事赔偿：若占用行为导致相邻土地权利人损失（如排水受阻、土壤污染等），需承担侵权赔偿责任。
   • 建议行动：立即停止建设行为，补办审批手续或恢复土地原状；若已收到行政处罚决定，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

2. 毁坏他人祖坟的法律责任

   • 民事责任：根据《民法典》第九百九十四条，祖坟作为具有人格利益的特殊物权，毁坏者需承担停止侵害、恢复原状、赔偿精神损害等责任。赔偿范围包括修缮费用、亲属精神抚慰金（通常5000元至5万元不等）。
   • 行政责任：依据《治安管理处罚法》第六十五条，故意破坏、污损他人坟墓的，处五日以上十日以下拘留；情节严重的（如多次毁坏、涉及多人祖坟），处十日以上十五日以下拘留，可并处1000元以下罚款。
   • 刑事责任：若毁坏行为伴随盗窃、侮辱尸体等情节，可能构成《刑法》第三百零二条的盗窃、侮辱、故意毁坏尸体、尸骨、骨灰罪，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
   • 证据固定：建议立即拍摄现场照片、视频，保留医疗记录（如亲属因事件受伤），收集目击证人证言，并及时向公安机关报案。

特别提醒：农村土地纠纷和祖坟保护问题往往涉及地方习俗与法律规范的冲突，建议处理时：

1. 优先通过村委会或乡镇司法所调解；
2. 保留所有书面证据（如土地权属证书、处罚决定书等）；
3. 涉及刑事犯罪时，务必在刑事立案前咨询律师，避免证据灭失。

如有进一步细节需要分析（如具体占地面积、毁坏程度等），可直接向我补充说明，我将提供更精准的法律方案。