商铺出租未签合同但实际已由承租方经营，出现违法行为应由承租方承担。以下是对此结论的详细分析：
一. 承租方的责任
- 实际经营与控制：根据“谁经营，谁负责”的原则，即使未签订书面租赁合同，但承租方已实际接手并经营商铺，即视为承租方对该商铺拥有了实际的控制权和使用权。- 例如，若承租方在经营过程中销售了违法商品，那么责任自然应由承租方承担。
- 违法行为责任归属：在承租方实际经营期间，任何由其引起的违法行为，如违反工商、税务、消防等规定，均应由承租方承担相应的法律责任。这符合《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和侵权责任的相关规定，即使合同未以书面形式订立，但不影响实际履行和责任承担。
二. 出租方的责任
- 无直接控制与管理义务：在未签订书面租赁合同的情况下，若出租方并未直接参与商铺的经营活动，则其对承租方的违法行为不承担直接责任。- 例如，出租方仅是将商铺交付给承租方使用，并未参与承租方的日常经营，则出租方对承租方的违法行为不负责任。
- 但需履行合理注意义务：出租方在出租商铺时，应确保商铺的合法性和安全性，不得出租存在安全隐患或违法用途的商铺。若因出租方的过错导致承租方违法，出租方可能需承担一定的间接责任。
综上所述，在商铺出租未签合同但实际已由承租方经营的情况下，出现违法行为应由承租方承担主要责任。然而，出租方也需履行其合理注意义务，确保商铺的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。