劳动者自离未办理离职手续，仍然有权获得已工作期间的工资报酬，但具体能否全额获得及是否需承担其他后果，需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律基础与工资支付原则
根据我国《劳动法》第五十条及《劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这表明，只要劳动者为用人单位提供了劳动，无论其以何种方式离职，包括自离，用人单位都有义务支付其应得的工资，不能以未办理离职手续为由拒绝支付。
二、公司规章制度与工资扣除
公司规章制度的约束力： 在实际操作中，很多公司会在内部规章制度中明确规定员工离职的相关流程和手续。如果员工未按照规定办理离职手续，公司可能会依据这些规章制度对员工进行处罚，如扣除部分工资作为违约金等。但公司扣除员工工资的行为必须建立在合法合规的基础上，不能违反相关法律法规的规定。如果公司规章制度中的相关条款与法律法规相冲突，应以法律法规为准。
经济损失的赔偿： 如果因为员工自离给用人单位造成了经济损失，如生产中断、工作交接延误等，并且公司有充分的证据证明损失的存在和具体金额，那么公司可以要求员工赔偿相应损失。但这并不构成拒绝支付工资的理由，而是作为额外的赔偿请求。赔偿应从工资中合理扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
三、员工权益保护与纠纷解决
协商与投诉： 如果用人单位拒绝支付自离员工工资，员工首先应与用人单位进行协商，要求其支付工资。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令用人单位支付工资。
仲裁与诉讼： 员工还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿等。如果仲裁结果仍不满意，员工可以依法向人民法院提起诉讼。
四、自离的潜在影响与建议
虽然自离员工在法律上有权获得已工作期间的工资报酬，但自离行为本身可能会对员工未来的职业发展产生不良影响。这种行为往往被视为不负责任和不尊重公司的表现，可能会影响员工在业内的声誉和未来的就业机会。
建议：
综上所述，自离未办理离职手续的员工仍然有权获得工资，但具体能否全额获得及是否需承担其他后果，需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。