集装箱放置在合法的工厂内做仓库用，是否为违章建筑，需根据具体情况及当地法律法规综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 规划与许可角度：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何在城市、镇规划区内进行的建筑物、构筑物等工程建设，均需向相关部门申请办理建设工程规划许可证。若集装箱的放置和使用未取得此证，且违反了城乡规划要求（如改变土地用途），则可能被认定为违章建筑。但若工厂已合法取得相关规划许可，且集装箱的放置符合规划要求，则通常不被视为违章建筑。

2. 土地用途角度：

   • 依据《中华人民共和国土地管理法》，国家实行土地用途管制制度。若集装箱放置在工厂内，且该工厂用地为合法的建设用地，且集装箱的放置未改变土地用途或已办理相关手续，则不属于违章建筑。然而，若集装箱放置在非建设用地上（如农用地），且未办理合法的农用地转用审批手续，则可能被视为违章建筑。

3. 地方规定与政策差异角度：

   • 不同地区可能根据本地实际情况制定了具体的管理办法和政策。例如，某些地区可能对工厂内放置集装箱有特定的规定或限制。因此，在判断集装箱是否为违章建筑时，还需考虑当地的具体规定。若当地政策允许工厂内放置集装箱作为仓库使用，并已办理相关手续，则不属于违章建筑。

4. 使用方式与影响角度：

   • 即使集装箱本身未直接违反规划和法律要求，但若其放置位置不当（如影响消防通道、阻碍交通等），或使用方式不当（如存放危险物品、造成环境污染等），也可能被视为违章建筑或被要求整改。因此，在使用集装箱时，应确保其放置位置和使用方式符合相关规定和要求。

建议与指导：

• 在使用集装箱前，务必了解并遵守当地的规划和法律规定，确保已取得必要的审批手续和许可。
• 对于地方政府或相关部门发布的关于集装箱使用的具体规定和政策，应密切关注并及时调整使用行为以符合要求。
• 若对集装箱的使用存在疑问或面临法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见和指导。

综上所述，集装箱放置在合法的工厂内做仓库用是否为违章建筑，并非一概而论。而是需要根据具体情况、当地法律法规以及地方政策进行综合判断。在使用集装箱时，应严格遵守相关法律法规和规定，避免不必要的法律风险和经济损失。