结论前置：企业作为被担保方，其法人所盖无证房屋的处理需结合担保法律关系、房屋性质及行政法规综合判断，具体分以下情况处理：

1. 若房屋因无证被认定为违法建筑，可能面临行政强制拆除

根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证的建筑，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除。
处理逻辑：

• 行政机关会先下发《责令改正通知书》，要求限期补办手续或自行拆除；
  
• 若逾期未处理，可能启动强制拆除程序，拆除费用由企业承担；
  
• 若房屋被拆除，担保物（房屋）灭失，债权人可能要求企业提供其他担保或提前清偿债务。

2. 若房屋虽无证但符合补办条件，可尝试合法化

部分地区允许对历史遗留的无证房屋补办手续（如补交土地出让金、罚款等），但需满足：

• 房屋建成于当地规划实施前；
  
• 未占用基本农田或生态保护红线；
  
• 符合消防、安全等基本要求。
  处理逻辑：
  
• 向当地自然资源部门申请确权登记，提交建设时间证明、用地合法性材料等；
  
• 补办后，房屋可作为合法担保物，继续履行担保义务。

3. 若房屋被拆除导致担保价值减损，需重新评估担保责任

根据《民法典》第三百九十条，担保期间，担保财产毁损、灭失或被征收等，担保物权人可就获得的保险金、赔偿金或补偿金等优先受偿。
处理逻辑：

• 若房屋被拆除后获得补偿款，债权人可要求将补偿款纳入担保范围；
  
• 若无补偿，企业需与债权人协商补充担保（如提供其他资产抵押），否则可能面临提前还款或担保责任扩大。

4. 法人个人行为与企业责任的区分

若房屋系法人个人名义建设且未用于企业担保，企业一般不承担房屋违法责任；但若房屋实际为企业经营所用（如厂房、办公场所），可能被认定为“实际使用人”，需配合行政调查。
处理逻辑：

• 区分房屋产权归属（个人/企业）：通过土地使用权证、建设合同等证据明确；
  
• 若企业实际使用无证房屋，可能面临行政处罚（如罚款），但不影响担保合同效力，债权人仍可主张担保权利。

建议行动步骤：

1. 立即委托律师核查房屋建设时间、用地性质及当地补办政策；
   
2. 与债权人沟通，说明房屋现状及处理方案，争取延期履行或补充担保；
   
3. 配合行政机关调查，避免因抗拒执行导致更严厉处罚（如罚款叠加）。
   

风险提示：无证房屋处理周期长、成本高，若企业资金链紧张，需优先保障债权人利益，否则可能触发交叉违约条款，引发连锁债务危机。

如有进一步细节（如房屋用途、担保合同条款等），可直接向我补充说明，我会为您定制解决方案。