关于立案超期（这里主要讨论行政非诉执行时效超期）的“正当理由”，这确实是一个涉及法律实践与理论探讨的复杂问题。以下，我将结合相关法律法规及实践中的常见情形，为您详细阐述哪些情况可能构成阻却行政非诉执行时效超期的“正当理由”。
一、行政相对人采取法律救济的情形
当行政相对人不服行政决定，选择提起复议或行政诉讼时，若复议维持原行政决定或判决驳回诉讼请求，此时关于执行时效的认定存在争议。但根据禁止不利变更原则，即行政相对人提起复议或诉讼的，不得加重其义务或负担，也不得减损其既得利益。因此，若行政相对人采取了法律救济手段，且最终强制执行的仍是原行政决定，那么应适用行政强制法规定的执行时效（通常为三个月），而非其他更长的时效。在此情况下，若行政机关因等待法律救济结果而逾期申请强制执行，可视为存在“正当理由”。
二、行政机关作出分期履行、暂缓执行决定的情形
行政决定作出后，若行政机关基于行政相对人的实际情况（如不可抗力、经营或生活困难、执行标的直接影响基本生活或生产经营等），批准其分期履行或暂缓执行申请，那么此时执行时效的计算应有所调整。根据2021年修订的行政处罚法第72条，行政机关批准延期、分期缴纳罚款的，申请人民法院强制执行的期限，应自暂缓或者分期缴纳罚款期限结束之日起计算。因此，在这种情况下，行政机关逾期申请强制执行，若能证明是因分期履行或暂缓执行决定所致，可视为存在“正当理由”。
三、恶意逃避行政处罚的情形
现实生活中，部分行政相对人为逃避行政处罚，可能会采取注销公司等手段。对于这种情况，是否构成阻却执行时效超期的“正当理由”，需具体区分：
若行政机关在作出行政处罚前，案涉企业已注销：此时行政决定属于认定责任主体错误，依法应予撤销，不得强制执行。因此，这种情况不构成“正当理由”，但行政机关也无需因超期申请而承担责任。
若案涉企业在行政决定作出后、申请法院强制执行前或法院决定强制执行后注销：此时应从行政机关知道或应当知道被执行人主体资格消灭之日起计算执行时效。若行政机关能证明其因不知情而逾期申请，且后续采取了合理措施（如变更股东为被执行人等），可视为存在“正当理由”。
四、其他特殊情形
除了上述情形外，实践中还可能存在其他导致立案超期的特殊原因，如自然灾害、政府行为等不可抗力因素，或行政机关内部流程繁琐、人员变动等管理问题。对于这些情况，是否构成“正当理由”，需根据具体案件事实和法律法规进行综合判断。
总结
立案超期的“正当理由”并非一成不变，而是需要根据具体案件事实和法律法规进行综合判断。在行政非诉执行领域，应平衡好公共利益和公民个人权利之间的关系，确保“正当理由”的认定既符合法治精神，又有利于保障行政相对人的合法权益。若您在实际操作中遇到相关问题，建议咨询专业法律人士以获取更具体的指导。