当发现拼多多商家存在商标侵权时，应依法收集证据，明确侵权主体，撰写起诉状，并向有管辖权的人民法院提起诉讼。以下是详细的起诉步骤及法律依据：

一、收集证据

1. 权利证据：包括商标注册证书、商标转让证明、商标使用许可合同等，这些文件能够证明你对商标的合法权利。

   • 例如，你的商标注册证书是证明你拥有商标权的关键证据。

2. 侵权证据：收集侵权商品实物、照片、销售发票、宣传资料，以及电商平台上的链接截图等。如果可能，通过公证方式保全网络侵权网页，以确保证据的有效性和证明力。

   • 例如，你可以在拼多多平台上购买侵权商品作为证据，同时保存购买记录、商品图片和商家的相关信息。

3. 赔偿证据：提供因侵权行为导致的损失证明，如财务数据、调查费用、律师费等合理开支的凭证。

   • 例如，你可以提供因侵权行为导致的销售额下降、市场份额减少等财务数据，以及为调查侵权行为和起诉所花费的费用清单。

二、明确侵权主体

确定侵权商家的身份，包括商家的名称、地址、联系方式等。如果可能，将制造商、销售商等列为共同被告，以更全面地追究侵权责任。

三、选择管辖法院

根据《中华人民共和国商标法》及相关司法解释，商标侵权案件一般由中级以上人民法院或专门的知识产权法院管辖。你可以选择侵权行为地（实施地、结果发生地）或被告住所地法院提起诉讼。

四、撰写起诉状

起诉状应包含以下内容：

1. 原告和被告的基本信息：包括姓名、地址、联系方式等。
2. 诉讼请求：明确你希望法院作出的判决，如停止侵权行为、赔偿损失等。
3. 事实与理由：详细陈述侵权事实，说明被告如何侵犯了你的商标权，并阐述你起诉的法律依据。
4. 法律依据：引用《中华人民共和国商标法》等相关法律法规，支持你的诉讼请求。

五、提交起诉状及证据

将起诉状及相关证据按照法院要求提供相应份数的副本，并缴纳诉讼费用。然后，将起诉材料提交至选定的有管辖权的人民法院。

六、参与审理与执行

1. 法院审理：法院受理案件后，将依法进行审理，包括庭审、质证等环节。你需要出庭陈述观点、提供证据，并与对方进行辩论。
2. 判决与执行：若法院认定侵权成立，将依法作出判决，要求被告停止侵权行为、赔偿损失等。若被告不履行判决义务，你可以向法院申请强制执行，采取冻结银行账户、查封财产等措施以确保权益得到有效维护。

我建议：在起诉前咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，制定合适的诉讼策略。同时，注意保护证据的真实性和完整性，避免证据灭失或篡改。关注诉讼时效问题，确保在法律规定的期限内提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。