结论前置：

1. 进京检查站查车本身不违法，属于公安机关依法履行职责的行为。
2. 若检查站以查车名义非法扣留、损坏无人机或侵犯隐私，则可能构成违法。

分情况说明：

1. 关于查车的合法性
   根据《中华人民共和国人民警察法》第九条，公安机关的人民警察对有违法犯罪嫌疑的人员，经出示相应证件，可以当场盘问、检查。进京检查站作为首都安全的重要防线，其查车行为属于公安机关依法履行职责，目的是维护社会治安和公共安全。因此，单纯的查车行为是合法的。

2. 关于无人机的检查
   无人机属于航空器范畴，其飞行和使用需遵守《中华人民共和国民用航空法》及相关规定。若无人机未按规定登记、飞行或携带违禁物品，公安机关有权依法进行检查。但需注意：

   • 检查程序需合法：检查人员应出示证件并说明理由，不得随意扣留或损坏无人机。
   • 隐私保护：若无人机内存有个人隐私信息，检查时应避免非法获取或泄露。

3. 可能违法的情形

   • 非法扣留或损坏：若检查站无正当理由扣留、损坏无人机，可能构成《中华人民共和国民法典》中的侵权行为，需承担赔偿责任。
   • 侵犯隐私：若检查过程中非法获取、传播无人机内的个人隐私信息，可能违反《中华人民共和国个人信息保护法》。
   • 超越职权：若检查站以查车名义实施与治安管理无关的行为（如商业检查），则可能构成滥用职权。

建议：
若您在进京检查站遇到无人机被非法检查或扣留的情况，可要求检查人员出示证件并说明法律依据。如认为行为违法，可保留证据（如录像、书面记录）并通过行政复议或诉讼途径维权。如有具体疑问，欢迎直接向我咨询。