结论前置：关于两姐妹父母去世后，农村宅基地妹妹成为户主的协议，核心在于明确宅基地使用权归属、双方权利义务及争议解决方式。以下为协议撰写要点及示例条款，供参考。

一、协议核心要点

1. 明确宅基地使用权归属
   根据《土地管理法》及地方政策，农村宅基地使用权以“户”为单位，户主变更需符合法定程序（如村委会同意、户籍变更等）。协议中需明确：

   • 父母去世后，宅基地使用权由妹妹作为户主继承/使用；
     
   • 姐姐放弃或确认不主张宅基地使用权（需双方自愿）。

2. 约定双方权利义务

   • 妹妹作为户主，享有宅基地使用权及房屋管理权；
     
   • 姐姐可约定居住权、收益分配（如出租、拆迁补偿）等条款；
     
   • 明确宅基地及房屋维护责任（如翻建、修缮费用分担）。

3. 争议解决方式
   约定纠纷解决途径（如协商、调解、诉讼），避免后续矛盾。

二、协议示例条款

宅基地使用权归属协议
甲方（姐姐）：_____，身份证号：_____
乙方（妹妹）：_____，身份证号：_____

鉴于父母_____（姓名）去世，遗留农村宅基地（地址：__，土地证号：_____），现双方协商一致，达成如下协议：

1. 宅基地使用权归属

   • 父母去世后，宅基地使用权由乙方作为户主继承/使用，甲方自愿放弃主张。
     
   • 乙方负责办理户主变更手续，甲方予以配合。
     

2. 房屋使用及收益分配

   • 甲方享有房屋________（如一间卧室）的永久居住权；
     
   • 若宅基地被征收或房屋出租，收益按________比例分配（如甲方30%，乙方70%）。
     

3. 维护责任

   • 房屋日常修缮由_____方负责，大额翻建费用由双方按_____比例分担。
     

4. 争议解决
   本协议未尽事宜，双方协商解决；协商不成，提交________（法院/仲裁机构）处理。

甲方（签字）：________
乙方（签字）：________
日期：________

三、注意事项

1. 合法性审查

   • 协议内容需符合《民法典》《土地管理法》及地方宅基地政策，避免无效条款（如擅自买卖宅基地）。
     
   • 建议由村委会或乡镇政府见证，增强协议效力。
     

2. 公证与登记

   • 可办理协议公证，或向不动产登记部门备案，确保权利明确。
     

3. 特殊情况处理

   • 若姐姐户籍已迁出农村，可能影响其宅基地权益，需在协议中明确排除或限制条款。
     

如有进一步疑问（如协议修改、地方政策差异），可直接向我咨询，我将结合具体情形提供详细解答。