在隐名股东合作中，若合作书写了注册资本5000万，但公司登记为注册资本1000万，法律上应以公司登记机关登记的注册资本1000万为标准。以下是对此问题的详细分析：
一、法律效力的角度
公司登记的公示公信力：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司登记机关登记的公司注册资本具有公示公信力。这意味着，对于外部第三方而言，他们有权信赖公司登记机关所登记的信息，包括注册资本。
- 隐名股东与显名股东之间的内部约定，如合作书中的注册资本5000万，并不具有对抗外部第三方的效力。因此，在涉及公司外部法律关系时，应以公司登记机关登记的注册资本为准。
内部约定与外部效力的区分：
- 隐名股东与显名股东之间可以就注册资本、股权比例等事项进行内部约定，但这种约定仅在双方之间产生法律效力。
- 当这种内部约定与外部公示信息不一致时，为了保护交易安全和第三方的信赖利益，法律通常倾向于保护外部公示信息的效力。
二、实际操作的角度
公司登记的重要性：
- 公司登记是公司设立和变更的法定程序，也是公司对外展示其基本信息的重要途径。
- 注册资本作为公司登记的重要内容之一，对于公司的信用、融资能力等方面都具有重要影响。因此，公司应确保其登记信息的真实性和准确性。
隐名股东的风险：
- 隐名股东虽然可能通过内部约定享有公司的实际权益，但在涉及公司外部法律关系时，他们可能面临无法直接主张权利的风险。
- 如果隐名股东希望其权益得到法律保护，他们应考虑通过合法途径（如股权转让、显名化等）将其权益转化为公司登记信息的一部分。
三、法律建议
审查并修正公司登记信息：
- 如果隐名股东认为公司登记的注册资本与实际情况不符，他们应与显名股东协商，并尽快向公司登记机关申请变更登记，以确保公司登记信息的真实性和准确性。
完善内部约定并明确权利义务：
- 隐名股东与显名股东之间应签订详细的合作协议，明确双方的权利义务、股权比例、利润分配等事项。
- 同时，双方应考虑在合作协议中约定如何处理公司登记信息与内部约定不一致的情况，以避免未来可能出现的纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果隐名股东在涉及公司法律事务时遇到困难或疑问，他们应及时寻求专业律师的法律帮助，以确保其权益得到合法保护。
总结来看，在隐名股东合作中，若合作书写了注册资本5000万，但公司登记为注册资本1000万，法律上应以公司登记机关登记的注册资本1000万为标准。隐名股东应了解并接受这一法律原则，同时通过合法途径保护其权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。