针对您提出的“证监公司营业部存在违法配资行为，营业部负责人会怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，一旦证监公司营业部被查出存在违法配资行为，这将对营业部的合规运营和声誉造成严重影响。作为营业部的负责人，其在此类事件中往往负有直接或间接的责任。

处理流程与措施：

1. 内部调查与责任认定：

   • 营业部在得知存在违法配资行为后，会立即启动内部调查程序，以查明事实真相，并确定相关责任人的责任范围。
   • 负责人作为营业部的管理者，其管理责任和监督责任将被重点审查。

2. 监管机构的介入与处罚：

   • 监管机构（如证监会或其派出机构）在接到举报或发现违法线索后，会进行深入调查，并根据调查结果对营业部及其负责人采取相应的监管措施。
   • 处罚措施可能包括出具警示函、罚款、暂停业务许可、撤销任职资格等，具体取决于违法行为的严重程度和影响范围。
   • 以您提供的参考信息为例，营业部负责人因违反内部管理规定和廉洁从业规定，被采取了出具警示函的行政监管措施，并记入证券期货市场诚信档案。

3. 负责人的个人责任：

   • 营业部负责人作为直接责任人，可能会面临个人罚款、市场禁入、行业谴责等处罚。
   • 其职业生涯和声誉也可能因此受到严重影响，甚至可能被追究法律责任。

4. 整改与合规建设：

   • 营业部在受到处罚后，需要立即进行整改，消除违法违规行为带来的影响。
   • 负责人需要组织并参与整改工作，加强内部合规管理，确保营业部未来能够合规运营。

5. 法律途径与申诉：

   • 如果负责人对监管机构的处罚决定不服，可以在规定时间内提出行政复议申请或向有管辖权的人民法院提起诉讼。
   • 但需要注意的是，复议与诉讼期间，上述措施通常不停止执行。

建议与启示：

• 对于营业部负责人而言，应时刻保持合规意识，加强内部管理，确保营业部各项业务合规运营。
• 一旦发现违法违规行为，应立即采取措施进行整改，并主动配合监管机构的调查工作。
• 同时，负责人也应加强自身的合规学习和培训，提高合规意识和风险防范能力。

综上所述，证监公司营业部存在违法配资行为时，营业部负责人将面临严重的法律后果和监管处罚。因此，负责人应时刻保持警惕，加强合规管理，确保营业部的合规运营。