针对您提出的“城市户口在农村有房且有证，使其合法的途径有哪些”这一问题，我将结合相关政策法规，为您详细解答。
首先，需要明确的是，城市户口在农村拥有房产并希望使其合法，主要涉及到的是宅基地使用权和房屋产权的确认与保护问题。根据最新的政策导向和法律法规，以下是一些可能的合法途径：
一、依据宅基地使用权确认房屋合法性
宅基地使用权登记：
- 如果您在农村的房屋是建在合法取得的宅基地上，且该宅基地已经进行了使用权登记，那么您的房屋在法律上就是合法的。
- 您可以向当地国土资源部门或农村集体经济组织查询宅基地使用权登记情况，确保您的宅基地使用权得到官方确认。
宅基地权益保障：
- 根据新修订的《土地管理法实施条例》，宅基地制度得到了进一步保障，明确了县级以上地方人民政府应合理保障本行政区域农村村民宅基地需求。
- 这意味着，只要您的宅基地是通过合法途径取得的，且符合当地规划，您的房屋产权就应得到法律保护。
二、通过政策允许的途径进行合法化
入乡返乡落户政策：
- 根据一些地区的户籍管理制度改革，如临沂市发布的通知，允许在农村地区合法拥有农村宅基地使用权的进城落户农业转移人口回农村经常居住的，可自愿选择回原籍落户。
- 如果您符合这一条件，可以考虑通过回原籍落户的方式，进一步确认和保护您在农村的房屋产权。
投靠落户：
- 如果您的近亲属（如父母、配偶等）在农村具有宅基地使用权和户籍登记，且您实际在农村居住生活，您可以申请办理投靠落户。
- 投靠落户后，您作为家庭成员的一部分，将享有与该宅基地相关的权益，包括房屋产权的确认和保护。
三、完善房屋产权登记手续
房屋产权登记：
- 无论您的户口性质如何，只要您的房屋是建在合法取得的宅基地上，且符合当地规划要求，您都可以向当地房地产管理部门申请房屋产权登记。
- 房屋产权登记是确认房屋所有权的重要法律手段，通过登记可以明确您的房屋产权归属和范围。
遵循相关法律法规：
- 在进行房屋产权登记时，您需要遵循《物权法》、《土地管理法》等相关法律法规的规定，确保登记手续的合法性和有效性。
四、注意事项与建议
了解当地政策：
- 不同地区的政策法规可能存在差异，您需要了解当地关于宅基地使用权和房屋产权的具体规定和要求。
咨询专业人士：
- 在处理涉及宅基地使用权和房屋产权的问题时，建议您咨询当地国土资源部门、房地产管理部门或法律专业人士的意见和建议。
保持沟通与协调：
- 在处理过程中，您需要与当地农村集体经济组织、村民委员会等相关方保持沟通与协调，确保您的权益得到妥善保护。
综上所述，城市户口在农村有房且有证，要使其合法，主要可以通过确认宅基地使用权、利用政策允许的途径进行合法化、完善房屋产权登记手续等方式来实现。希望这些建议能对您有所帮助。